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标题:【求助】我的NR western 条带

nikun230[使用道具]
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【求助】我的NR western 条带


实验条件:
脑组织蛋白,封闭室温2小时,一抗NR1是BD pharmingen的mouse抗体,NR2A和2B是Upstate的rabbit抗体,稀释1:2000,过夜;二抗是Amersham的,稀释1:2000,室温2小时。显像:ECL+
问题:
NR1第三和第四之间,最后一个条带,还有NR2A上有似用粉笔擦拍了一下的白色淡化的部分,为什么?
NR1每个条带上面都有托下来的黑影,怎么让它不出来?
NR2A和其他两个做的条件都一样,为什么单独出现了那么深的背景?
是不是抗体过度稀释了?我下次做的时候打算都用1:1000,是否妥当?


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summerxx[使用道具]
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你好,我在NMDA受体,我用的抗体能识别NMDA2A/B,结果本应该是出来一条带的,是165kd。而每次结果都有条带,可是条带的位置都不多,都是低于165kd。能告诉我原因,急切的盼望,期待你的帮助。
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nikun230[使用道具]
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如果你做western的其他条件都没有问题(也就是你做别的蛋白时条带都出来的很好)的话,可以考虑抗体方面的问题。
我用的是NR2A和NR2B是分别两个抗体,正如上面所说是UPSTATE公司的,07-632和06-600,A的分子量170,B的分子量180,都跟你用的抗体所标的165不同。
在我的NR2B条带中可以看到膜的痕迹,我孵育抗体时膜的大小就那么大,要么在那个位置上出来条带,要么就不出来。跑电泳时可以两边挂marker,剪membrane最小,就能避免非特异性抗体都贴在别处。
另外也可以考虑蛋白上样量和抗体浓度的问题,上样量是通过做内参(如actin)可以掌握,抗体浓度最好照说明书使用,好像一般都1:100起。
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summerxx[使用道具]
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我的目的蛋白是165kd,可是每次做出来的条带都是在低于165kd很多的地方,也就是说条带的位置不对。是一抗的问题呢?还是我的目的蛋白裂解了呢?
另外就是165kd的最合适的转膜条件是什么啊?(湿转)
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BOSS2011[使用道具]
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5
 

请教楼上两位:你们的蛋白是怎么样提取的?能告诉我具体方法吗?非常感谢!
因为我是做170KD的胞膜蛋白,做了2个多月了:-(,老是没条带,我估计应该是蛋白提取的时候出了问题,没提出来。不知两位的蛋白存在于细胞的哪个部位?如果在胞膜上,我也就看到希望了。
背景白色淡化,是不是洗膜的时候出了问题?
目的条带比165KD下移很多,是不是蛋白存在降解带?因为我的170kd的蛋白,说明书上就明白标出了170和72kd的两条条带。或者如果使用了预染marker的话,据说迁移率会发生一些改变,可以同时用未预染marker验证条带位置。我做170kd湿转时恒压40v,240min,可能时间长了些,下一步再调整。仅为个人愚见,见笑了。
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ritou1985[使用道具]
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6
 

楼上所说的用未预染的marker验证位置……是怎么个验证法呢?你是指带有AP或者HRP的marker么?
以下是一楼的问题
2,“NR2A上有似用粉笔擦拍了一下的白色淡化的部分”是显色液涂布不均匀或曝光时间有点短造成的。
3,“NR1每个条带上面都有托下来的黑影,怎么让它不出来?”wash时间多一些会好一点,当然,信号也会弱一些,但可以用延长曝光时间弥补。
4,“NR2A和其他两个做的条件都一样,为什么单独出现了那么深的背景?”与一抗有关系。但首先应该在二抗上调整,这种情况可加大二抗稀释度。再说你的二抗本身用的就浓了。amersham ECL的话,二抗1:5000-1:10000足够能出信号了。其他没有背景黑算是你运气好了。
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BOSS2011[使用道具]
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回复 #6 ritou1985 的帖子

因为预染marker经过处理后虽然直接肉眼可见,但迁移率会有所改变。未预染marker迁移率几无变化,电泳完毕后可用考染或银染显示位置。
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lxh031[使用道具]
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8
 

对我就是问那考染或银染的话,怎么确认你的蛋白又在泳道里得什么位置呢?因为他显然不是跑的一个纯蛋白,而是脑组织全蛋白。不过回头想想,如果同时也点预染maker的话,倒是可以通过两个marker迁移的shift推断出来目的蛋白相对未预染marker的位置。当然这个绕了一圈,就很难讲准确度如何了。
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nikun230[使用道具]
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whole Protein extraction buffer:
1 M Tris(pH 7.5)   120 µl   
0.5 M EDTA 18 µl   
1 M KCl   240 µl   
100% glycerol   300 µl   
100 mM DTT   30 µl  
20XProtease Inhibitors   300 µl  
加D.W   4,992 µl  
-----------------------------------------------------------------------------------------
总量 6 ml
另外再加 1% Triton X-100
1 M NaF   6 µl
100 mM Na3Vo4   60 µl
100 mM PMSF    60 µl
每块儿组织里加500 ul研磨后,在冰上置30分钟(每十分钟vortex一次),4度,14000rpm离心1小时。
以rpm论单位可能不正确,但我们实验室的protocol就是这么写的,我也用过不同的离心机,只要能转到这个速度的离心机用这个速度好像都没问题。  
需要特别说明的是,这只是提取总蛋白的方法而不是专门提取膜蛋白的方法,当然总蛋白里含有膜蛋白,但是敏感度可能不是很高,那些微小的变化可能不好检测出来,所以我是想用试剂盒,上面的那些条带只是为了调整western条件才用总蛋白做的。
to dufenglai:
我是用了湿转。
你是不是也做NMDA受体?NMDA受体有几种亚型,亚型1的抗体BD Parmingen公司的(556308)标有120kD,就是我上面条带中的第一个,你的是不是NR1啊?
我觉得其他条件都确定没问题了可以考虑是dye的问题,比如配的时间长了缺少DTT或者betta-Mecaptoethanol挥发了等等,这些部分也挺重要的,是我的体验。
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mysmdbl[使用道具]
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NMDA受体在胞膜胞浆都有,但胞膜部分更多。如果不需要分离胞膜部分,提总蛋白就好了。这样也简单。提取蛋白的溶液中一定要加蛋白酶抑制剂。
抗体我用的SANTA CRUZ的还不错,但NR2A可能效果不是很好。
现在我的Co-IP实验结果也不好。不稳定。
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