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标题:【求助】如何找MASCOT score等MS数据？

xingyi08[使用道具]
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发表于 2014-2-3 11:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】如何找MASCOT score等MS数据？

各位老师
我的课题做的是比较蛋白质组学的，但是是交给我们医院的蛋白质组学实验室做的，自己没有参与。做完后他们给了我质谱的数据，只有两个excel的表，如图示。
投稿后，杂志社要求我补充MASCOT score, The number of matching peptides, The percentage sequence table.
请问上述数据我改如何去寻找？


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发表于 2014-2-3 11:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

续，另外一个excel的内容


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发表于 2014-2-3 12:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

首先当然是要求测试单位提供原始检索结果（最好有原始数据，这些本来就是应该提供的），一般MASCOT原始检索结果都是网页格式，上面就有肽段/蛋白得分、匹配肽段数目、覆盖率等信息。Mascot也可根据需要提供含有各种信息的xml格式文件，一目了然。有些仪器（如Bruker公司质谱）还可提供更直观的pdf报告，输出这些报告只是点一下键的问题，你要求他们一下肯定会给你的。
如果他们不提供，就只能要了原始数据自己去Mascot网站（cuturl('http://www.matrixscience.com')）检索了。估计你做的是MALDI数据，此网站一天只能免费使用300个检索，估计你还是够用的。
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发表于 2014-2-3 12:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
看了你提供的结果，原来是ABI4700。
目前在excel里的那个protein score就是你要的Mascot Score，Pep. Count里的17并不是多肽匹配数目，里面有些重复的，你手动将重复的多肽数目去掉就是number of matching peptides，至于cover percentage，貌似这表里没有。你也可以手动算算，找到这蛋白全序列，看看一共多少个氨基酸，然后看看你的多肽列表里一共占了多少个氨基酸，一除就是coverage了。
如果蛋白数量很多，还是找测试单位按你要求输出的快。
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发表于 2014-2-3 12:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
看了您的回复，就知道是这方面的行家，谢谢您！
我现在清楚的是：protein score=Mascot Score。
隔行隔山，我最这个表的意义比较陌生。还是不很明白number of matching peptides和cover percentage怎麽找，如果方便的话，能不能麻烦您画图说明？
谢谢....
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发表于 2014-2-3 12:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你的贴图我看不太清。
你看看下面peptide information里，第2个和第3个肽段序列是一样的，所以这两个结果实际指向同一段肽，只能算一个；同理，第7和第8两个也是一样的。所以你就把这样相同的结果去掉，剩下多少个肽段结果，就是number of matching peptides。
至于cover percentage，就是找出这个蛋白质的全序列，看看一共多少氨基酸(N1)，然后算算上面的matching peptides里肽段一共有多少氨基酸(N2)，然后N2/N1*100%，就是cover percentage了。
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发表于 2014-2-3 12:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我再附上该质朴清晰一点的图。
由此，我按照你的方法算了一下，似乎excel图里面的Pep. Count=17正是number of matching peptides，不知是否可以直接读取？
MASCOT=248？
17个肽段共找出146个不重复的氨基酸，总长483个，cover percentage=146/483=30.23% ？
两外，excel表中的Protein MW和Protein PI是指实际(Experimental)还是指理论(Theoretical)的？他们当初给我的时候说是Theoretical的，但今天一查ExPASy，里面的好像和他们给我的excel表里的MD又不一样哦！


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发表于 2014-2-3 12:45 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

1. 匹配多肽数是17。估计软件已经扣掉重复的了，可以直接读取。
2. 给出的Protein MW和pI是通过数据库里序列计算得到的理论值。
数据库中序列常常是没有切掉信号肽的，所以和实际实验结果会有差距。
另外，检索结果中常常会碰到protein group情况，即多个蛋白质序列拥有相同的匹配序列（通常是点突变序列或剪切片段等），这种情况下软件会输出一个ID，而把其他作为其subset而不显示。因此你在expasy中搜索时一定要查找同一个序列，否则序列长度或局部可能不一样。
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xingyi08[使用道具]
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发表于 2014-2-3 12:46 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢您！
每次读你的回帖多有醍醐灌顶的感觉，豁然开朗！
这几天我也在探索这些质朴的数据分析，现在已经有点头绪。
谢谢您的热心帮助，如果有疑问，我还会继续跟帖请教您！
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