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你的前面步骤因为我没做过这方面也不好多说，关于DEAE离子交换我最近都在用，可以谈谈自己的经验给你作为参考。
在离子交换层析中一般常用梯度洗脱，通常有改变离子强度和改变pH两种方式。改变离子强度通常是在洗脱过程中逐步增大离子强度，从而使与离子交换剂结合的各个组分被洗脱下来；而改变pH的洗脱，对于阳离子交换剂一般是pH从低到高洗脱，阴离子交换剂一般是pH从高到低。由于pH可能对蛋白的稳定性有较大的影响，故一般通常采用改变离子强度的梯度洗脱。当对所分离的混合物的性质了解较少时，一般先采用线性梯度洗脱的方式去尝试，但梯度的斜率要小一些，尽管洗脱时间较长，但对性质相近的组分分离更为有利。
另外，洗脱液的流速也会影响离子交换层析分离效果，洗脱速度通常要保持恒定。一般来说洗脱速度慢比快的分辨率要好，但洗脱速度过慢会造成分离时间长、样品扩散、谱峰变宽、分辨率降低等副作用，所以要根据实际情况选择合适的洗脱速度。如果洗脱峰相对集中某个区域造成重叠，则应适当缩小梯度范围或降低洗脱速度来提高分辨率；如果分辨率较好，但洗脱峰过宽，则可适当提高洗脱速度。
在初次尝试时，建议你平衡液用0.02MTris-HCl缓冲液，ph8.2（阴离子交换柱在洗脱由于“陶南效应”，离子交换剂的表面ph会比缓冲液高1单位，不知道你的蛋白能否耐受强碱还是先定低一点），洗脱液就是在平衡液中加入0~1MNaCl，然后根据作出的结果确定梯度洗脱的条件。
