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非常感谢楼上给我的课题提出了几个根本性的建议！
PKS基因簇的确是包含了几个保守区域，如酰基转移酶（AT），酮基缩合酶（KS）和酰基载体蛋白（ACP）,其中尤以KS最为保守。在解淀粉芽孢杆菌（FZB42）中生物合成macrolactin的PKS基因簇--PKS2（被重新命名为mln）中 mlnB-G的氨基酸保守对于您说的可以根据均是KS。正如您提到的，可以直接用其它菌株的PKS片段作为探针，我们也打算针对mlnD设计引物进行PCR扩增，以得到的片段作为探针之一；与此同时，还针对mlnA(其保守PKS基因簇是AT)和mlnH（其保守PKS基因簇是TE）设计引物，扩增片段作为探针，这样，一共设计了3个探针，希望能够覆盖对macrolactin生物合成负责的PKS基因簇（约53kb）。在这里，之所以选择mlnD中的片段为探针，主要是考虑它的位置比较靠近中间（mlnA和mlnH在两端，且AT和TE在生物合成macrolacin的过程中都是必须的），因为我们打算构建fosmid文库（其容量是20-50kb），所以拟设计这样3个探针来获取整个53kb的基因簇，不知这个想法是否合理。而您建议的BAC文库我们也考虑过，由于我们实验室以前有师兄构建过fosmid文库，而且其容量也比较合适，所以就暂时先构建fosmid文库试试看，如果不行再考虑用BAC文库。
另外，您也提到了，一种菌株里也许包含了不知一种的PKS基因簇，的确是这样的，有文献报道FZB42中就有多种PKS基因簇，它们分别产生了不同的化合物，macrolactin是其中一种，其它主要还有bae（负责合成Bacillaene）和dfn（负责合成Difficidin）等，这确实比较麻烦！我们在设计引物时，对于mlnA（AT），由于已有师兄将其序列测出（且是在我们的目的菌株中），因此我直接根据这段测序的序列设计了引物。对于mlnH（TE），其对应的PKS保守区域比较单一，即酯酶（TE），因此我们就根据编码TE的核苷酸序列设计了一段引物，且这段引物经BLASTn比对后只与mlnH特异性的同源。对于mlnD(KS)，由于mlnB-G的保守结构域都是KS，且KS在FZB42中的其它PKS基因簇中也是最为保守的，而我们的目的是针对mlnD设计的引物能够对mlnD有特异性，所以我先将mlnD的KS保守氨基酸序列与FZB42中的其它KS保守序列进行了BLAST比对，发现mlnD的KS保守氨基酸序列与FZB42中其它19段区域都有较高的相似性，于是有采用多序列比对的方式找出了mlnD与它们不同的氨基酸序列，以其为模序设计引物。但是经BLAST比对后还是有几个区域（如mlnG,mlnE，baeL等）与该引物的3‘末端匹配。也许在扩增时会把它们也扩出来，但我觉得不能再这样纸上谈兵了，虽然引物还存在一定的缺陷，但我还是想先实践一下。
关于异源表达这段53kb的基因簇我也觉得相当有难度，毕竟其中各结构域的序列都不得而知，目前心里还没有谱，这是我得到生物合成macrolactin基因簇后的工作，希望能继续得到您的指点！不胜感激！
