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血清一般蛋白含量高,如果实在滤不过,可以先做一个硫酸铵沉淀,粗分一下蛋白组分,有很大一部分白蛋白和球蛋白可以除去,但根据我个人的经验,血清的组分其实是很稳定的,一般12000转离心后短时间不要反复冻溶是不会有新的沉淀产生的。
细胞表达上清,一般蛋白含量不是很高,离心后过滤,保持缓冲体系和温度不变,短时间内出现新沉淀的可能不是很大
菌体和细胞裂解液有些蛋白组分不稳定,有时即使你离心了,但是先前可溶的一些蛋白质会因为自身的不稳定性以及一些蛋白和蛋白酶的互相作用,导致蛋白变性,沉出来。
一般12000RPM离心后的液体,过0.45um的膜应该完全没有问题
我猜测楼主这种情况很有可能就是蛋白质离心后,虽然驱除了不溶的部分,但是过了一会马上就有新的不稳定蛋白沉出来了,或者某些可溶的蛋白在过膜的过程中容易和膜吸附,导致在膜上堆积沉淀。
建议楼主改变一下缓冲液的组分,增加稳定性,防止蛋白质再有沉淀或者积聚发生