小中大我觉得最开始蛋白质组的研究思路很简单，就是跑胶，一个对照一个处理，差异点做质谱，也就是所谓的差异蛋白质组学，也有些条件好有钱的地方对细胞的某一时期或某一生理状态下的所有2D跑出来的蛋白质进行质谱鉴定，做些简单的生物信息分析，对点进行分类，做一个所谓的组学上的研究，并且现在也有不少实验室还在采取这种思路。只不过单纯这样的研究越来越难发点数高的文章了，除非发现了些特别的东西，或者引入了一些新的思路或者技术手段。
随着蛋白质组的发展，2D也受到了不少的质疑，随后对差异的点也会进行一些基于基因和蛋白水平的验证，以求探求事物的真相，给结果一些多的佐证。随着生物信息学的不断发展，各种数据库的完善，采用pathway的方法来研究的也越来越多，可以说也是一个趋势。其实，说到底，蛋白质组学研究的目的也就是为了探明细胞代谢，调控，疾病等等的机理。
个人的一点看法，大家接着讨论。
