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质谱能否对全新的蛋白进行测序？答案是能， 而且非常能^_^ 不过什么方法都是有其局限性的。
传统的测序方法是以Edman降解为基础的N端测序，而目前我们质谱所使用的测序方法是denovo测序, 是根据肽段与惰性气体相碰撞产生的一系列的有规律的片段离子之间的质量差来推断氨基酸序列。我们可以根据肽键断裂处的y离子和b离子来推测氨基酸序列从而不受翻译后修饰和纯度的限制
但是质谱测序也是有局限的：
1. 质谱测序依赖于公共数据库。 如果所研究的物种的基因组没有完全被测序，或者其中部分没有对应的序列， 那么质谱测序将无法得出正确的鉴定。
2. 我们使用的搜索引擎的打分和算法可能也会使得我们遗漏一部分的肽段和质谱图的匹配， 产生假阳性结果。
3. 如果有点突变或者未知修饰存在的话， 由于搜库算法或者参数设置中没有考虑到， 同样也无法得出正确的结果。
实例： 我们实验室正好昨天有别的实验室的人来要求我们帮助对他们的大约2000分子量的一个小肽测序，而我们的测序仪因为出了点小问题， 替换的零部件还没有到， 所以暂时不能做， 于是我和他们解释了质谱测序的情况， 同时也把缺点说了， 他们最后决定等测序仪修好了再来（因为他们是一个水蛭中的成分， 没有相对应的数据库支持， 但是其实edman降解测序有时候对一些小分子也测不出全长， 可能是由于小肽在支持剂上不能很好的附着， 所以如果是一个新蛋白， 还是把质谱和EDMAN降解结合更好）
