【求助】串联质谱检索不到的蛋白，能否知道检索的...

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标题:【求助】串联质谱检索不到的蛋白，能否知道检索的...

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发表于 2014-2-10 22:15 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我遇到了一个很要命的问题，我的目的蛋白是牛来源的骨桥蛋白（OPN，osteopontin），将其送到公司去做串联质谱鉴定，但是公司回复我的结果是没有检索到。我送的样品是按照要求进行电泳并考染后的切胶的样品，我现在想知道一下如果我的样品没有问题的话，能否是数据库内没有我的目的蛋白OPN的相关信息，所以才检索不到呢？
如何知道检索的数据库是否有你目的蛋白的信息呢？

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发表于 2014-2-10 22:15 资料个人空间短消息加为好友

小中大

质谱方面的知识不是很懂，现在很是着急这个结果，麻烦大家帮忙看看，看看一般常用的数据库中有没有牛来源的骨桥蛋白（OPN，osteopontin），十分的感谢。

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发表于 2014-2-10 22:16 资料个人空间短消息加为好友

小中大

怎么能先知道串联后检索的数据库中是否有这种被检索蛋白的相关信息呢？？急！

ritou1985[使用道具]
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发表于 2014-2-10 22:16 资料个人空间短消息加为好友

小中大

公司应该给你串联质谱的图谱（也就是一些肽段的序列），也有可能是数据库里面没有，你是一维的sds-page，原则上不可能完全分离，所以检索的结果就不止一个，想更确信的话，国家生物医学分析中心不错，很有经验，年后可以再送一次，看结果是否一致，至少国家生物医学分析中心会给你一份报告，如果是你要的蛋白就给你检索结果，如果检索不到结果，也会给你至少3个肽段的序列，你也可以从数据库找到你想要蛋白同源的蛋白。http：//proteomics.cn有空可以看一下

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发表于 2014-2-10 22:17 资料个人空间短消息加为好友

小中大

太感谢了，我是拿一维的SDS-PAGE，直接切胶送去的，他们的报告给我了一个，我看不太懂。
对于 “如果检索不到结果，也会给你至少3个肽段的序列，你也可以从数据库找到你想要蛋白同源的蛋白。”不是很理解？

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发表于 2014-2-10 22:17 资料个人空间短消息加为好友

小中大

应该是检索的结果，没有匹配的蛋白。但是我这个蛋白的序列在NCBI上可以查到，那是不是说明数据库里应该有我所要检测蛋白的信息啊！

nn255[使用道具]
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