蛋白质与蛋白组学 » 讨论区 » 经验共享 » 【分享.转帖】PubMed医学文献检索指南

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

标题:【分享.转帖】PubMed医学文献检索指南

莲花白[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74499
精华 1
积分 286
帖子 247
信誉分 102
可用分 2016
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-11
状态 离线
1
 

【分享.转帖】PubMed医学文献检索指南


PubMed医学文献检索服务系统,其检索内容包含MedLine,PreMedline(不含Mesh检索主题词)医学文献数据库及其他电子出版文献。
1.PubMed基本检索方式(Basic PubMed Search)
进入PubMed基本检索方式主页,在检索框中可以输入任意词,包括文献作者,出版杂志等:
键入一个或多个检索词(可以为任意词),如protein disulfide isomerase ,也可以输入缩略名如pdi等;输入多个词时,可自动识别成词组;但词数太多时,则以逻辑与的方式识别,如可以将protein disulfide isomerase识别成一个词,也有可能将其识别成“protein AND disulfide AND isomerase”尤其是出现数字等符号时不易识别成词组;
对PubMed不能识别检索的词组,需加引号强调,如键入: “Insight II”
以文献作者方式检索,作者名的输入格式为: 姓+名
 如输入:Freesman DJ ,其中“姓”为全称,“名”则为首字母简写形式( “名”可以省略);
键入的杂志名称可以是全名,也可以是杂志名的MedLine缩写格式
或ISSN杂志号(见期刊浏览)。
检索时可在词尾加“*”号检索所有具有同样词头的词。如键入:biolog* 可查得biology或biological等词。
  PubMed可将多个词以词组形式查询,对PubMed不能识别检索的词组,需加引号强调,如键入:
“Insight II”
将识别成词组“Insight II”以方式查询,若键入:
Insight II
则有可能分开识别成“Insight” 和“II”两个词,以逻辑与“Insight AND II”的方式进行检索。
词与词间可用AND、OR或NOT逻辑进行连词检索。
键入检索词后,别忘了选择检索年限(30天,10年不等)及选择文献的页面显示数目。
按Enter回车键或鼠标击话界面中的“Search”按钮可得到查询文献提要(document summary page)。
2.PubMed高级检索方式 (Advanced Search)
  与基本检索方式不同的是增加了检索范围(search fields).和检索模式(search mode)的选择框。
在检索范围 Search Fields 选择条框中,包含了
All fields[ALL],指PubMed所有检索范围;
Affiliation[AD,AFFL],指联系地址,包含第一作者(主要作者,Primary author)或其他作者的研究所和联系地址;
Author Name[AU,AUTH],包含文章的所有作者,格式为“姓+名(首字母大写)”;
E.C. Number[RN,ECNO],指酶学委员会统一规定的对每一个酶的特定的编号,同时也包括CAS登记号;
Journal Title[TA,JOUR] 指文献出版杂志的名称;
Language [LA,LANG]指文献语种;
MeSH Major Topic[MAJR] 包含MEDLINE检索系统认为最重要的MeSH医学主题词表;
MeSH Terms[MH,MESH], 包含所有用来检索MELINE的医学主题词(Medical Subject Headings);
Modification Date[MDAT],指文献收入PubMed的日期(年-月-日,如97-Jul-26);
Page Number[PAGE]指文献在杂志中的起始页;
Publication Date[DP,PDAT],指文章出版日期(年-月-日);
Substance[NM,SUBS],指与文献相关的化学物质在化学文摘检索(Chemical Abstract Service, CAS)中登记的名字和在MEDLINE库中的物质名称;
Text words[TW,WORD],包括文章标题目,摘要中出现的所有述词以及MeSh词表和化学物质名称中的个别词;
Title words[TI,TITL],仅包括文献记录标题中的词;
Volume[VI,VOL] 指文献所在杂志的出版卷次;
Medline ID[UI,MUID]指MedLine给每条引录文献的特定标识号;
PubMed ID[PMID]指PubMed给每条引录文献的特定标识号。
最好采用Entrez检索系统作进一步精细查询
  在检索模式(Search Mode)选择框中,包含自动检索累计(Automatic)和检索词列表(List Terms)检索模式:
“Automatic”模式:
将对检索框中键入的词按逻辑与(AND)的方式检索,不仅自动显示检索到的符合文献数,而且在“修写当前查询内容(Modify Current Query)”显示框中分别显示单个词的累计文献数。可进行查询修改,以逻辑或(OR)、逻辑否(NOT,BUTNOT)等方式检索。亦可在“添加限制查询述词(Add Terms to Query)”的栏目中键入其他限制述词。
  “List terms”检索词列表式检索:
  在检索框中键入一个或多个文本述词(text words)、关键词(key words)或文章作者,将检索到所有以给定词开头的词或词组的文献数目。选定其中的词或滚动条框框外词(scroll list up/down)作进一步的检索结果显示,选择多个词的话,则会显示各个词相应的文献数累加结果。显示检索数目后,与“Automatic”模式一样,可作“增添限制述词检索(Add Terms to Query)”或“修改当前检索内容(Modify Current Query)”。
显示检索文献 (Retrieving Documents)
  当检索结果的文献数目较少,且能满足需要时,按“Retrieve(检索)”按钮即显示检索到的文献内容列表,包括文献的标题(title),作者(author)及出版杂志、页码及日期(年),这个列表称为文献摘引列表(Document Summary Page)。
可根据需要显示详细内容,每条文献均有好几种显示格式:
①Citation report(引录格式)包含引录杂志,文章标题,作者联系地址,摘要,MeSh词,化学物质规范名,以及MedLine和PubMed特定标识号。
②Abstract report(摘要格式)包含引录杂志,标题,作者,地址或联系处以及摘要。
③MEDLINE report(MEDLINE经典格式)可用来下载并收入目录型数据库(bibliographic database)。
④ASN.1 report (ASN.1格式) 指文献整个的结构格式,显示相关蛋白质或核苷酸的相关文献。
在某些文献还能连接到提供全文的杂志。
顶部
gmjghh[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 75184
精华 0
积分 475
帖子 589
信誉分 100
可用分 3823
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-20
状态 离线
2
 

学习了,谢谢!
补充一点,动态教程。
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_jbjs.htm')
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_xzzd.htm')
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_yjs.htm')
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_jss.htm')
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_ztc.wmv')
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_qk.wmv')
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_jsjg.wmv')
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_ywpp.wmv')
cuturl('http://class.ibucm.com/wxjs/html_x/8/p_lccx.htm')
cuturl('http://202.120.76.227/jiaoyanshi/dzjc/flash/pubmed/index.htm')
顶部
莲花白[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74499
精华 1
积分 286
帖子 247
信誉分 102
可用分 2016
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-11
状态 离线
3
 

相关疾病:
电击伤
给大伙再补点互相学习
高效利用PubMed进行生物医学文献检索
王晓芹 周立社 张巨峰 李慧萍 傅建刚 2006-10-13 18:49:36 《包头医学院学报》 2006 年 9 月 第 23 卷 第 3 期
关键词:生物医学文献检索
  随着生物医学的飞速发展,利用Internet这种新的重要的信息传播媒体检索所需信息已成为科研人员获取生物医学文献的主要途径。MEDLINE(Medical Literature Analysis and Retrieval System Online)是国际权威的生物医学数据库,是生物医学领域相关文献的主要检索数据库,内容涉及临床医学、基础医学、卫生保健系统等。Internet上有许多网站提供免费的MEDLINE检索服务,最常用的是美国国立医学图书馆的Entrez-PubMed。
  Entrez(cuturl('http://www.ncbi.nim.nih.gov/entra'))是美国国立医学图书馆国家生物技术信息中心NCBI(National center for Biotechnology Information)建立的生物医学数据库集成检索系统,PubMed是Entrez系统提供的检索软件,用户可在网上通过PubMed免费检索MEDLINE数据库[1]。
  1 PubMed一般检索方法
  当打开浏览器,在地址栏内键入cuturl('http://www.PubMed.gov/')后,就进入了PubMed检索系统主页,可以见到如下页面。
  页面上部有主标题“PubMed”,其下方的空白方框,即是供我们输入所要查询内容的检索框。在检索框中输入查询词,然后单击“Go”按钮或按回车键,PubMed将会自动开始检索,并将检索到的相关条目显示在屏幕上。在检索框前面,你还可以选定所要检索内容的数据库范围,除NCBI的数据库以外,可供选择的还有:PROTEIN, STRUCTURE, POPSET等。为了提高检索效率,有如下建议:(1)明确需要检索的关键概念及词语,即关键字;(2)要考虑关键字的类似说法,即有可能出现的同义词;(3)通过限定DATES,STUDY,GROUP等,精炼你的检索范围;(4)多向有经验的人求教,因为不同的专业背景以及个人的差异,都有可能形成不同的方法和技巧;(5)通过布尔(BOOLEAN)运算来提高效率,最常用的三种布尔运算即是AND,OR,NOT。 AND提供的运算方式是不管所输入的两个关键词语出现的位置在哪,只要他们都出现在索引文章的某一处,就将其列出。OR运算是将出现至少一个关键词的文章列出,这种运算可把相似主题的文章一并检出。 NOT运算可以在你的检索范围内将某些不需要的部分除去,但是会有可能将一些所需要的文章漏掉,比如当检索词为LEAD POISONING NOT CHILDREN时,除了会删除掉那些仅讨论儿童的文章,同时也会删去那些同时讨论儿童及其他年龄组的文章。
  2 PubMed检索类型
  通常我们所要检索的单词类型大致可分为:
  (1)词语(主题)检索 这时我们在PubMed主页的检索框中键入的是英文单词或短语(大小写均可),然后回车或点击“Go”,PubMed即使用其词汇自动转换功能进行检索,并将检索结果直接显示在主页下方。例如:键入“vitamin c common cold”后回车或点击“Go”,PubMed开始检索并将检索结果显示出来。
  (2)著者检索 当我们所要查询的是著作者时,在检索框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写,格式为:“著者姓 空格 名字首字母缩写”,例如Smith ja,然后回车或点击“Go”,系统会自动到著者字段去检索,并显示检索结果。
  (3)刊名检索 在检索框中键入刊名全称或MEDLINE形式的简称、ISSN号,例如:Clinical cancer research 或1059-1524,然后回车或点击“Go”,系统将在刊名字段检索,并显示检索结果。
  (4)日期或日期范围检索 可以在检索框中键入日期或日期范围,然后回车或点击“Go”,系统会按日期字段检索,并将符合条件的记录予以显示。日期的录入格式为YYYY/MM/DD,如:2004/09/08 ,也可以不录月份和日子,如:2000或1999/12。
  (5)检索期刊子集(辑) 检索的格式为:检索词AND jsubseta,如:neoplasm AND jsubseta。可供检索的期刊子库有3种:core clinical journals、Dental、Nursing。
  检索带文摘的记录 检索的格式为:检索词AND has abstract, 如:liver cancer AND has abstract。要注意的是在1975年前出版的文章,其MEDLINE记录中没有文摘。
  (7)布尔逻辑检索 PubMed系统允许使用布尔逻辑检索,只要在检索框中键入布尔逻辑运算符(AND,OR或NOT)。具体使用时要注意的问题,详见上第3点所述[2]。
顶部
莲花白[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74499
精华 1
积分 286
帖子 247
信誉分 102
可用分 2016
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-11
状态 离线
4
 
3 处理检索结果
  当点击“GO”或回车后,PubMed将会自动运行检索命令,在屏幕的下方显示出符合检索要求的项目,并且在查询框内保留原检索词。此时要注意的是符合检索要求的项目是以Summary(简要格式)显示出来的,就是列出作者,文章题目,以及文章来源的一些信息。在DISPLAY键后还可以选择别的显示格式,点击DISPLAY键后,系统按所选格式显示全部检索结果。 如果只需要显示其中一部分记录,则需勾选该记录左边的查询框,使标记后,再点击DISPLAY键;如果只需显示一条记录,则可直接点击该记录中的作者姓名超链接,系统会自动显示该记录的文摘格式。还有一点,系统所设定的默认值为每页显示20条选项,这点可以在SHOW后的下拉菜单处选择。选中感兴趣的内容,即可进行保存,打印等操作。PubMed系统允许最多可保存500条记录。要保存全部检索结果时,打开Summary下拉菜单选择其中一种格式,然后点击Save键;要保存特定记录时,勾选记录左边的选择框予以标记后,再点击Save键。使用浏览器的打印功能,还可把感兴趣的内容打印出来。如果想打印成文本格式,请先点击Text键,然后再打印。
  4 PubMed高级检索技巧
  在我们所要检索的问题相对较为复杂的时候,仅仅靠初级检索就远远达不到要求,为了使得检索更为准确、高效,可充分利用PubMed所提供的高级检索功能。进入PubMed首页之后,在检索框的下方,有PubMed所提供的五个重要的功能按钮,即Limits、Preview/Index、History、Clipboard、Details按钮,如果能够充分利用好这五个功能按钮,检索则很有可能事半功倍。这五个按钮的主要功能如下:
  4.1 Limits按钮 可进行如下设定1)将搜索范围设定在一个特定的域。(2)将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围。(3)将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型(如综述)。(4)设定只搜索包含摘要的文献。(5)设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。设定搜索范围为PubMed数据库的某一子数据库(如Abridged Index Medicus或AIDS相关的条目)。例如,在All Fields域选择下拉菜单里,你可以把搜索词限定在一个特定的域,缺省设置是所有的域,打开下拉菜单就可以选择所需的域名了。又如“Only items with abstracts”指只检索那些有文摘的记录(1975年前出版的文章的记录中没有文摘)。
  4.2 Preview/Index按钮 可进行的设定有1)在显示条目之前显示所查到的文献数。(2)随时通过增加查询单词来修改查询方案。(3)在特定的搜索域中向方案里加入查询词。(4) 从Index中查看并选择词语来修改查询方案。(5)在修改查询时查看方案。
  4.3 History按钮 History (历史记录)按钮中保存的是所有的查询方案与查询结果,只有当运行了一次查询之后,History中才有内容。History屏幕将会显示查询方案、查询时间、查询到的文献数量。Preview显示的是历史记录中最近的三条记录,而使用History可以看到最近100次的查询结果。一旦查询数量超过100,PubMed会将最早的查询除去,加进最新的查询,如果两次查询内容相同,PubMed会将前一次的去除。
  4.4 Clipboard按钮 Clipboard(剪贴板)可以保存或查看在一个或多个查询中使用的条目,可以打印、保存、订购剪贴板中的内容,将条目左边的复选框选中,单击“Add to clipboard”就可以将其加入剪贴板中。点击Clear History键可以将History中的所有内容清除。剪贴板中最大的储存数是500条,放在剪贴板中的内容如果在一小时内没有任何操作,将会自动消失。
  4.5 Details 按钮 Details用于查看PubMed的检索策略,即在提问框中键入的检索词被PubMed自动地转换成了哪些词,并使用了什么样的检索规则和检索语法。此外,使用Details按钮可以对检索策略进行编辑,然后再一次检索。在PubMed Query框内显示的是PubMed实际使用的检索策略和语法。该框下有四个区域,Result区显示检索结果的记录总数,点击这个数字,可回到检索结果显示屏;Translation区显示检索词转换的详细情况;Database区显示检索的数据库;User Query区显示用户键入的检索词或检索式,要对检索策略进行编辑可直接点击PubMed Query框中的检索策略,将其增加、删除或修改后点击Search键。
  5 PubMed的特色服务
  PubMed在2005年推出其个性化服务-My NCBI,即在主页上设一个My NCBI按钮,其功能是保存、调用PubMed用户的检索方式,并可将最新信息直推到用户的电子信箱内,用户使用时只需按下按钮即可。
  总之,熟练应用PubMed检索技巧,可以迅速准确地检索到相关文献,为科研、教学、医疗服务。
  参考文献
  [1] 邹赛德.医学计算机应用基础[M].第3版.北京:人民卫生出版社,2004:235.
  [2] 陈荔子.实用医学文献检索[M].第3版.北京:北京医科大学中国协和医科大学联合出版社,2004:201.
  作者简介:王晓芹(1972-),女,学士,讲师。
  包头医学院,内蒙古 包头014010;上海交大医学部
顶部
莲花白[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74499
精华 1
积分 286
帖子 247
信誉分 102
可用分 2016
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-11
状态 离线
5
 

一个pubmed自带的医学字典
cuturl('http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/mplusdictionary.html')
如果不够可以参考剑桥词典,可以自由选择字典种类
cuturl('http://dictionary.cambridge.org/')
顶部