小中大你太客气了。讨论问题不用那么客气。
你说的“ChIP提取液”是不是最后从珠子上将目的片段洗下来的洗脱液？如果是的话，那么实验组多加一点也没关系。因为最终沉淀下来的目的片段总量还是那么多，稀一点无所谓。
如果你想做Western检测沉淀中有没有富集你的目的蛋白，那么就用还没加洗脱液的沉淀做。因为你一加洗脱液，你的目的蛋白和靶基因就在上清中了，而不在沉淀中。
还有几个问题。
1、如果你不做定量－PCR的话，那么ChIP就是一个半定量的实验。最好不要做二次PCR，只做一次PCR，而且一次PCR也要控制好循环数，不要让PCR达到饱和期。总之就是尽量让PCR保持指数级增长，这样你最终PCR产物量的差异才能反映一开始模板量的差异。
2、最终得到的洗脱液，最好不要用乙醇沉淀。毕竟乙醇沉淀得到的东西杂质很多。我们现在都是用试剂盒纯化。这样得到的东西纯的多，后续实验也放心。
3、ChIP实验的优点是能反映细胞中真实的情况，缺点则是结果误差较大。做半定量PCR吧，PCR本身就会引入一些误差。做定量PCR吧，做好定量PCR本身就不容易。我们做过一次定量PCR，但是结果与我们半定量的结果不符，且差距很大。由于定量PCR花费很高，后来我们就都只是半定量检测了。
说了那么多，总之就是你做半定量一定要选好control。仅仅是input的量一样是不够的。我们是这样子的：设计β－actin 启动子区的引物，在最终得到的ChIP产物中，先扩增β－actin，（β－actin的量会有差异，虽然input的量是一样的），然后把β－actin的量调到一致，然后再检测目的基因的差异。
