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标题:【求助】求助

okhaha[使用道具]
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发表于 2014-3-3 16:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】求助


各位朋友，小弟实验需要做蛋白质的功能预测，但刚接触，希望高手给在下指点一二！
我做的是人的CYP17基因，通过临床标本收集，发现了几个突变，第362个氨基酸的突变和第487，488，489三个氨基酸的缺失。
查了相关资料，想选择CYP17的计算机模型2c17(cuturl('www.rcsb.org'))作为模板，来看一下这些突变是如何改变此蛋白的功能的！（大致预测一下）
我的思路是：第一，看一下这四个氨基酸在这个模型中的位置
第二，看一下这几个位置在维持此蛋白的结构中的作用，参与b-折叠，a-螺旋还是其他。
参考文献提供的用Chimera软件来使用，但我有此软件，却苦于无从下手.
小弟为临床研究生，本身这方面知识就很缺乏，问了好多学基础的同学，甚至托人到北京某处问，均回不会。故期盼丁香园的高手能给予帮助，小弟感激不尽！
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okhaha[使用道具]
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发表于 2014-3-3 16:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

这是图片,本人很心急，因为为此工作，都熬了一个月了，哪怕高人指点一二，小弟都为感激的！
这次是真的遇到难题了


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发表于 2014-3-3 16:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼主好像在用 QuickTime ??!!
这种情况下，用 PyMol 更合适些，可以看见立体模型。
用 英语 google 搜索 PyMol download ，可以找到 PyMol windows 版本下载，免费软件。
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发表于 2014-3-3 16:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

问题不是在于看立体结构，好多软件都可以
RasMol-Raindy，Swiss-PdbViewer 3.7，Cn3D4.1，还有上面的UCSF Chimera，问题是怎么将这些突变蛋白定位，怎么来观察其功能！
难道这真的很难吗？
我都快郁闷透了...
都为此付出一个月了，还不见进展！
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tuuu2[使用道具]
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发表于 2014-3-3 16:06 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
手边没有UCSF Chimera，就用pymol给你作个demo吧，在'display'下面选择'sequence'，这样蛋白的序列就出来了，如下图中的红箭头所标的。


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发表于 2014-3-3 16:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

pymol的下载地址
cuturl('http://delsci.com/rel/099/')
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okhaha[使用道具]
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发表于 2014-3-3 16:08 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼上
我怎么打开的图像是线条样的，怎么能变成你上面所显示的丝状的呢？
多谢！
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