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标题:【讨 论】为什么大家还在使用2D

windboy[使用道具]
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发表于 2014-3-5 14:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【讨 论】为什么大家还在使用2D


在一窝蜂的进行蛋白质组研究的时代，大家的技术手段还停留在2D找差异的阶段，新的技术那么多，2D的弊端又是显而易见的，并且就目前文章发表情况来看，这样的东西很难上台面的，看看MCP就知道了，不知道大家有什么看法。
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3648755[使用道具]
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发表于 2014-3-5 14:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

2D也好dige也好，LC-MS也好都已经是比较常用的技术了，在不同的实验经费和平台下选择合适的使用，谈不上先进但也谈不上落后。
MCP上还是有2D的，能不能发好的文章不在于你是不是使用2D还是什么，只要你的结果还可以，又能做点机理，发不了MCP，发proteomics或者JPR还是有可能的。
但有一点，像以前那样找点差异点就能发JPR的时代已经过去了，必需要做机理了。
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发表于 2014-3-5 14:26 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
目前研究的重点是相对定量，撇开2D的样品兼容性不谈，利用染色获取的颜色浓度差异在多大程度上可以重复可以确定是一个问题，同样的样品，你跑2块胶，颜色可能都不一样，更何况不同的样品，不同的操作。所以2D给我个人的感觉不很可靠的，除非有很好的重复性。
2D的另一个弊端就是低效率，一张胶切100个点已经是不小的工作量了，同样的样品如果用shotgun的技术路线，我相信鉴定出来的蛋白远大于maldi，并且如果你这个蛋白点在考马斯染色下就可以看到的话，我相信在shotgun里面一定可以发现。shotgun也相对节省时间花销。现在我个人比较偏爱SDS-gel之后的shotgun技术路线。2D我感觉在你有很明确的目标蛋白的时候可以考虑，其他情况下好像基本没有优势。
一定要做机理这点我很赞同，发现差异就发文章的年代已经一去不复返了，所以基本不要去看早期发表的蛋白质组学的文章，除非是技术方面的，欢迎大家讨论
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wmp1234[使用道具]
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发表于 2014-3-5 14:26 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我是2D和LC-MS同时进行.发现一些差异蛋白,这些蛋白存在一定的交集.
总之,两者方法各有优缺点,但今后的主流会是shotgun路线了.
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我佛慈悲[使用道具]
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发表于 2014-3-5 14:26 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教：
如何用鸟枪法进行蛋白组学研究？
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windboy[使用道具]
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发表于 2014-3-5 14:27 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 wmp1234 于 2014-3-5 14:26 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
我是2D和LC-MS同时进行.发现一些差异蛋白,这些蛋白存在一定的交集.
总之,两者方法各有优缺点,但今后的主流会是shotgun路线了.

请问您shotgun时用的什么技术来定量，如果走标记路线的话，在2D里面检测到的真阳性差异基本都应该可以在shotgun里面检测出来的，如果非标的话，就不那么可靠了。所以shotgun标记路线现在才是目前定量蛋白质组的王道。
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windboy[使用道具]
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发表于 2014-3-5 14:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 我佛慈悲 于 2014-3-5 14:26 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
请教：
如何用鸟枪法进行蛋白组学研究？

说白了就是以下几个层面，
蛋白分离
酶解
肽段分离
LC-MSMS
具体的实验设计可能会省略上面的蛋白分离或肽段分离，如果蛋白分了很多组分，一般来说，肽段混合物可以直接进lcms，也有人喜欢把省略蛋白分离（有时是技术手段的局限，比如用o18水标记的话，只能在肽段分离层面下功夫），把蛋白全切了，再分肽段为多组分，之后进lcmsms
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linlinstar[使用道具]
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发表于 2014-3-5 14:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼上几位大侠说的“机理”我不大明白，可以举个例子吗
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linlinstar[使用道具]
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 小中大


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原帖由 windboy 于 2014-3-5 14:26 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
目前研究的重点是相对定量，撇开2D的样品兼容性不谈，利用染色获取的颜色浓度差异在多大程度上可以重复可以确定是一个问题，同样的样品，你跑2块胶，颜色可能都不一样，更何况不同的样品，不同的操作。所以2D给我个人的感觉不很可 ...

本人在蛋白质组学方面还是菜鸟，哪位大侠能否简要介绍一下“shotgun”
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greenbee[使用道具]
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 小中大


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原帖由 3648755 于 2014-3-5 14:25 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

2D也好dige也好，LC-MS也好都已经是比较常用的技术了，在不同的实验经费和平台下选择合适的使用，谈不上先进但也谈不上落后。
MCP上还是有2D的，能不能发好的文章不在于你是不是使用2D还是什么，只要你的结果还可以，又能做点机 ...

不管是2D，还是dige，或者LC-MS，能解决问题，发表文章，就是好技术。
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