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1.溴芬蓝和目的条带位置相近怎么弄啊？
溴芬蓝和目的条带位置相近对结果没有影响吧，不用考虑溴芬蓝的，当你的跑好的胶在水里洗一下，如果时间就可以洗掉的。在一个溴芬蓝只是跑胶的一个指示剂，如你所说的话，你只要保证溴芬蓝不要跑出去就行了，最好离下边沿有一定距离。
所以在你染色和脱色以后胶上已经能够没有溴芬蓝了，所以不用考虑溴芬蓝的事。
2.跑胶的时候，浓缩胶没有将溴芬蓝浓缩成一条线，大约要指宽，是如何回事？我5%浓缩胶，分离胶是15%。
没有浓缩的原因很可能和你的电压或者电流有关（不同的地方有的用的是恒压有的用的是恒流）有关，楼主是不是在跑浓缩胶和分离胶的时候电压或者电流一样。
实际上应该是在浓缩胶的时候，引物聚丙烯酰胺凝胶的空隙比较大，蛋白跑的比较快，所以应该用低压或者低流，这样在浓缩胶和分离胶的交界处，加样空下部的蛋白会走的很慢，上部的跑的快，这样在交接车蛋白就聚集了，这就达到了蛋白浓缩的目的了，这就是浓缩胶浓缩的原理，到了分离胶后，在调高到正常的电压或者电流，就行了。
3.31KD以下的蛋白是否量很少？还是很容易降解？为什么考马斯亮蓝染色条带几乎看不到？
至于量的问题，很难回答，不同的菌或细胞是不一样的。一般小分子量蛋白是比较容易降解，特别是浓度比较低的时候。考染看不到只能说明你的样品中蛋白很少或者没有。因为你的其他蛋白都能染色，至少说明你的染液和染色方法没有问题。
