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标题:【求助】marker条带缺,曝光结果怪

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【求助】marker条带缺,曝光结果怪


刚开始做western blot,走过两遍完整的过程,可是结果很奇怪,请各位老师指导分析。
我的目的蛋白分子量 42kd ,抗体都是santa cruz的,一抗goat 抗 rat 多克隆,二抗驴抗羊-hrp, 蛋白marker是fermentas sm0671 可视的那种,ecl 发光剂 不知道牌子的和millipore都有用。分离胶是12%的,照着分子克隆的
我跑的两次,首先电泳时marker条带比正常的少,尤其似乎缺了我要看的40kd左右的条带,而且条带很糊,越跑越谈。
下面是膜上的marker条带,基本和胶上是对应的,浓度也差不多。和说明书上应该出来的条带差别很大,缺很多条带,胶上主要缺56kd和43kd的条带,请问这是怎么回事?
小的那块膜是我第一次做,用的是师兄流下来的试剂,大的一张改用同学的试剂(除了30%双丙和10%sds),结果也还是一样。
问题:1。marker缺条带,而且很糊,越跑越淡,请问可能有哪些影响因素?
2。又或者是不是marker有问题?
原来怀疑tris-cl PH的问题,测了一下,果然不大准,第二次就换了同学在用的,结果还是这样。ap 是现配的,temed 新买的,胶凝的很不错。30%gel有几个月了,一直放在4冰箱里,可能这个失效了?电泳缓冲液是买的10×的贮存液,基本是现配现用的。跑胶30ma恒流。marker是新买的,和同学一人一支,他跑8%的胶,分子量100多的,跑的时候和我不一样,看不了条带。


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2
 

marker说明书的条带;实验室别人跑12%的胶,就和这个一样,很均匀很好看。下次到他那里验证一下我的marker。
说明书上marker条带应该是均匀量的,没理由说因为marker上样量不够导致条带缺失吧?
我用的1mm厚的胶,5ul marker;第二次1。5mm;6ulmarker


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另外,曝光也很奇怪
第一次曝的


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第二次曝的图
样品处理:8ul 2×上样缓冲液(上海生工)+2ul DTT(临用时加入)+10ul稀释蛋白样品,100度煮10min
1抗 1:2000 4度过夜; 2抗 1:3000 rt 1h; 5%脱脂牛奶封闭 rt 2h;现配TBST洗15min/次
疑问:为什么蛋白黑黑的在上端,难道没有裂解?
为什么中间marker蛋白条带也被染出来了呢?


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没少啊,
橙色下面五条蓝色的带,11KD的已经不在了,
不同浓度的胶,marker是跑的不太一样
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问题:1。marker缺条带,而且很糊,越跑越淡,请问可能有哪些影响因素?
缺的条带应该是转膜时膜太小了没转到膜上。预染MARKER电泳时在胶上可以看出来的。看看胶上少没少。
跑得很淡我们以前也遇到过。后来让胶多凝一会就好了。
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原帖由 greenbee 于 2014-3-10 15:21 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

没少啊,
橙色下面五条蓝色的带,11KD的已经不在了,
不同浓度的胶,marker是跑的不太一样

我的是12%的胶,实验室别人的12%胶跑得和marker基本一样(指条带数,清晰度,条带的间隔距离),而且事实上小的那张,我早早就停掉了,前端指示剂只到2/3多点就停了
我觉得跑的不对,实验室大部分人都是用这个marker,也有好几个12%的胶,他们看看都说我的marker跑的不对
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QUOTE:
原帖由 DNA 于 2014-3-10 15:21 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

问题:1。marker缺条带,而且很糊,越跑越淡,请问可能有哪些影响因素?
缺的条带应该是转膜时膜太小了没转到膜上。预染MARKER电泳时在胶上可以看出来的。看看胶上少没少。
跑得很淡我们以前也遇到过。后来让胶多凝一会就好了 ...

膜上和胶上的条带基本差不多
我倒要试试让胶多凝会,谢谢建议!
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汇报一下:
今天又跑了一次胶,做了一些改进:
1。就像everbeen兄建议的,让胶多凝会,我特意延后了电泳的时间(让胶至少凝了1h才跑)
2。本次marker从-20度拿出来室温融了好一段时间。(前面也怀疑到是不是marker融的不够,某些分子量组分还没溶解?我前几次做都是很紧凑的,胶凝时间少,marker也可能没完全融)
3。自己正儿八经配了一次电泳缓冲液(前几次是用的公司买的10×贮存液,年前开瓶用的,不知是不是坏了?)
4。电泳条件:30mA恒流到底。
5。marker 8ul
结果:(照片后面补上)
marker条带好看多了,浓度,清晰度,各个条带梯度比例,都和marker差不多。
遗憾的是,30mA跑电泳,太快了,中午回了趟科室,2h还不到,溴酚蓝居然跑到外面了损失了前面3条带,无法判定这次跑出来的条带全部全
问题:30mA怎么会这么快呢??原来也这样过,没这么快啊!


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【1】看左边的这张图,即使最下面还有条带,也会因为没有膜了,而显示不出来的。建议增加膜的长度。
--膜肯定比胶长的没问题
【2】对比两张图,发现如果把右边的图放大到和左边的一样大,那么我们就会发现其实两张图相差不多的。右边那张图的最下面一个条带已经很淡了,提示散开了,也就是说如果减少电泳时间的话,下面的条带很有可能出来的。
--散开了和电泳时间长有关吗?我的时间已经很短了,小的那张,我是条带分开差不多就停了,基本上膜上是怎么样,胶上也是怎么样。
【3】其实制作MARKER的公司也是欠考虑的。如果红色条带下面的第4个条带也搞成红色的,那就好多了。
--现在这个产品最前面又有一条绿色11kd的条带了,刚看到^_^
【4】MARKER公司说明中的图,是用一定浓度的胶配制的。不同的浓度的胶会对MARKER产生影响的。即使同样浓度的胶,其他条件也很难完全相同,所以,MARKER和说明中有一定的区别是可以理解的。
--嗯
【5】注意如果胶配的不好,比如PH值,会对跑胶有影响的。
--我自己配的东西,但是还是觉得不怎么可靠^_^
【6】小分子量的MARKER,要早期观察,不要等胶跑了很久再观察。早期只要MARKER条带分开了,就可以数所有的MARKER条带,一般会找到的。
--嗯,前面两次条带出来就是那么几条,这次有事情,没看
【7】如果还不行,可以适当加大MARKER的上样量,这样跟容易找些。
--我试试
【8】可以适当减小跑胶的电压。
--请问怎么样的电压合适?
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