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标题:【讨论帖】western blotting 培养细胞的蛋白粗提时...

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【讨论帖】western blotting 培养细胞的蛋白粗提时...


我做了半年western blotting了,p53,p15都能做出来,就是做不出来p21和p27.万般无奈,买了CST的9932#cell cycle sample kit,可还是做不出来。上周给CST发了质量投诉报告,老外处理的很积极,5天之内就给我发来了反馈意见。我的操作基本上是按照CST的说明书进行。只有一点不同,我制备蛋白样品的时候用1毫升注射器在冰浴中反复快速抽吸RIPA-细胞悬液,直到液体清亮为止。我没有按说明书上要求的用超声波来破碎细胞,因为我们实验实验室没有此仪器。交投诉报告的时候,我撒了谎,说用了超声波,可老外通过图片怀疑我没有用超声波,眼睛也够刁的。
我现在想向论坛内的高手们讨教,粗提培养细胞的蛋白时,用注射器抽吸和超声波破碎有区别吗,或者说超声波处理是必要步骤吗。
下面我把我的操做步骤和图片,以及CST的反馈意见贴上来,请高手们指点。我先得声明,我没有任何指责CST的意图,因为他们在五天之内就给出了反馈意见,还是非常积极的,我很佩服。
1.Place the cell culture dish in ice and wash the cells with ice-cold PBS, drain the PBS, then add ice-cold lysis buffer (0.4ml per 5x106 cells/60mm dish). Scrape adherent cells off the dish using a cold plastic cell scraper then gently transfer the cell suspension into a pre-cooled microfuge tube.
2.Sonicate for 15 seconds to shear DNA and reduce sample viscosity. Centrifuge in a microcentrifuge at 4°C for 20 min at 12000 rpm .Gently remove the tubes from the centrifuge and place on ice, aspirate the supernatant and place in a fresh tube kept on ice, and discard the pellet.
就这一步我用了注射器快速反复抽吸,没用超声波。
3.Add 80 µl 5 X loading buffer to 320 µl lysate to prepare the loading sample . Heat a 400 µl sample to 95–100°C for 10 minutes; cool on ice. Microcentrifuge for 5 minutes.
4. Load protein lysate onto SDS-PAGE gel(20 µl per well) ,and load prestained molecular weight markers(SM1811,Fermentas)
5.在15%的SDS-PAGE 胶80伏/30min.+120/90min.垂直电泳,用伯乐的mini3槽
6.转膜,100伏恒压1小时,4度。膜是0.45的PVDF膜,转膜缓冲液配方::14.4g甘氨酸,3.0.g Tris,甲醇200ml,补足去离子水至1000ml
7.转膜完毕,我把转好的膜按蛋白marker剪切为7块,分别和不同的一抗杂交,之后处理过程都按标准话流程操作,一抗杂交和二抗杂交我都是在四度进行,一抗杂交是过夜,二抗杂交了四个小时。
8为了完全确定抗体有效,我曝光过夜。
这是我的结果
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因为图片太大,只好剪切后再发第一张


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这是第二张


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这是CST技术支持的反馈意见,除了hepg2细胞是我的实验用细胞外,其他细胞全是说明书上指定的阳性细胞株。显示出条带的p15是兔多抗,cdk4是鼠单抗,二抗也是cst的,按说明书1:2000稀释。
下面是CSt的回复,他们提出了一些建议,同时他们想送一个阳性对照给您。
具体内容见下:
************Original email************
Dear Fugang:
The customer was very thorough in the information provided, but I cannot find any problems with the procedure. I am concerned however,because the western blot images are not as clean and clear as I would expect. It is possible that a transfer using a 0.45 micron membrane will work with p15, but it is unlikely. I would like to know if they had indeed performed sonication of their samples, using a tip sonicator and not a water bath sonication? The p15 band is wavy, like it was not sonicated. So, I cannot explain any technical trouble shooting that can help. I can only offer control lysates
that the customer can use with their western blots. Normally I would have thought that the secondary antibodies failed, but the two antibodies to cdk4 and p15 worked, so maybe there is something wrong with the detection. If there is too much protein
loaded, the HRP detection substrate may be depleted before exposure to film.
Let me know if the sample lysate will be helpful.
Sincerely,
Rami Najjar
Product Manager
Cell Signaling Technology, Inc.
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我现在就是想向本版的同仁们讨教,是不是超声波破碎细胞一定是必须步骤。或者说,如果要测出p21,p27,一定得用超声波处理细胞。昨天和师弟讨论,师弟说:"会不会是因为p21,p27和DNA结合的特别紧密,咱们用注射器抽提细胞,打断的DNA片段比较大,而p21,p27还结合在DNA的大片段上,最后在12000转离心20时把p21,p27一起离心到沉淀里去了;而超声波打碎的DNA片度小,所以p21,p27就能分离开,溶到PIPA里"。我也不知道是不是这个原因,特发此贴作为一个专题来讨论,以期能抛砖引玉。
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还得强调一下,我用的是10孔的梳子,每孔上了20微升。
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图片不干净,我分析是因为曝光过夜,而且显影定影我都各用了10分钟,所以不干净。还有他的这点分析意见我不大理解:“If there is too much protein
loaded, the HRP detection substrate may be depleted before exposure to film.
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我用的ECL发光液也是足量,足量到我曝光过夜后,保鲜膜都还呈湿透状态
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我佛慈悲[使用道具]
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我觉得曝光过夜根本不是很好的方法,按ECL说明,2min就够了。这里与HRP的反应能力有关,有个反应曲线,还会有diffusion的问题。
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quiqui008[使用道具]
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看了你的结果,对老外的技术支持还是挺佩服的。
1:不要认为KIT都是好东西,有很多东西是手工的好,拿裂解液来讲,我外国的老板就骂我不思考,拿个配方就用,应该充分考虑你蛋白的特点,不同性质的蛋白是要用不同的裂解液,但这里也说回来,用人家做出来的东西就更应该没问题,所以我认为是你的问题。
2:首先你的蛋白有没有定量,从头到尾都是说细胞数量和体积,最根本的上样量不知道,我做过的一个周期相关基因就是少了根本不出带,60ug才能出带。
3:超声对你的基因不是必须的,我做过你说的基因,就用化学裂解的方法,没问题。
4:曝光根本不用过夜,我都是5分以内,能出的都出来,不能出来的过夜也没用
5:用内参来验证二抗和发光系统是否正常,另外建议转膜可以适当延长时间
6:用内参做出来漂亮的图,然后再做目的基因。你师弟说的有道理,但这里告诉你肯定的说你做不出来条带不是超声的事,是WB系统的问题
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