小中大先支持一下，有图更方便大家讨论。
我就是自己的思考，欢迎有经验的战友帮助分析。
我觉得上层和中层的颜色不同，可能是结晶大小的问题。上层和下层冷冻的比较快，药物的结晶比较小，因此呈现白色。中层结晶比较大，所以呈现物料本身的颜色。
打个比方，雪呈现雪白色，融化后的水可能要脏的多，雪呈现的白色是因为结晶太小，晶面对光线的发射决定了颜色，如果结晶变成大块的冰，晶面反射对颜色影响变小，就会呈现冰本身的颜色或者是无色透明。
所以可以想象冷冻过程的物料变化，
温度降低，药物溶解度下降，部分析出，边缘部分结晶迅速，药物以小颗粒形式颗粒析出；中间部分温度降低较慢，药物结晶长大。水结冰或者药物和水形成共晶，药物结晶长大过程停止。因此冻干之后，上下为白色，中间是原料本色。
你说的中间的突起是否是由于水结冰阶段，体积变大，造成的挤压的结果。换句话说是外周的水结冰后体积变大，中间的液体被挤压上行。
另外干燥过程的升温过快也有可能产生类似的变化，但是应该是底层颜色更深。
我想如果想解决这个问题，可以尝试加快冷冻速度。
