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标题:【求助】一个点在不同的地方做了三次质谱都没作出来

wu11998866[使用道具]
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发表于 2014-3-17 17:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】一个点在不同的地方做了三次质谱都没作出来


我的一个双向胶上的点，银染的时候颜色比其它点深些，送出去做了maldi-tof, moldi-tof-tof三四次，都是没结果，连酶解图谱都没有一张好的。出峰很少。三四个峰。
怎么办啊？
哪位大侠知道有什么好的方法来鉴定啊。
另外，酶解图谱好的，库里搜不到怎么办，能不能用在文章上呢？
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tuuu2[使用道具]
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发表于 2014-3-17 17:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

其他点怎样呢？
可以说详细一些
库里搜不到也可以用的，库并不完善，能用到文章上的
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IAM007[使用道具]
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发表于 2014-3-17 17:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 wu11998866 于 2014-3-17 17:51 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我的一个双向胶上的点，银染的时候颜色比其它点深些，送出去做了maldi-tof, moldi-tof-tof三四次，都是没结果，连酶解图谱都没有一张好的。出峰很少。三四个峰。
怎么办啊？
哪位大侠知道有什么好的方法来鉴定啊。
另外，酶解图 ...

换成考染的胶，加大上样量。银染的点做质谱不太好。
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发表于 2014-3-17 17:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我刚做了一批2-DE的spots,结果第一次MS鉴定不了的蛋白再重新鉴定还是鉴定不了.然后让专门做MALDI新技术的同学用新方法做，结果就鉴定成功了.观察鉴定数据中发现第一次鉴定不了的蛋白都有一个共同点就是它们的coverage都很低.所以我个人认为你可以用新方法或者其他的酶(trypsin之外)来酶解蛋白,使其coverage提高或者富集处理.
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wu11998866[使用道具]
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发表于 2014-3-17 17:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我所做的物种库是不完善，做了5个点，四个没出来，一个出来了但是搜不到结果。
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发表于 2014-3-17 17:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

对于物种库不完善的,做蛋白质组学的研究有很多困难,即使你的到很好的质谱结果,也一样不能够获得比对的数据.
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daod[使用道具]
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发表于 2014-3-17 17:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

这个问题有点复杂 呵呵
首先我觉得如果银染没出结果，那就加大上样量用考染做一下，银染对质谱影响较大.
如果做出来的结果在库里没有，有两种可能，一是你这个蛋白很特殊，可能是很重要的蛋白，通过序列比对去查询可能是哪个种类的东东，二可能是污染的蛋白，好好把握实验关，重复几次...要是确定为特殊蛋白，那就恭喜你了，你可以发SCI了，把这几个蛋白深入做一下，说不上真是什么敏感的蛋白，其他的我也不是很懂了，不过咱们可以相互讨论的！
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发表于 2014-3-17 17:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你的可能是个好的结果，重要的未知功能的蛋白，但需要进一步的验证其功能。
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fei1226com[使用道具]
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发表于 2014-3-17 17:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

可以到我们这里来做ms/ms质谱，应当可以出来
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guagua[使用道具]
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发表于 2014-3-17 17:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

可能是你的蛋白本身胰酶位点少
所以做出来没有什么 峰
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