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标题:【求助】请问质谱数据如果分析、搜索、处理？

流星锤[使用道具]
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发表于 2014-3-23 22:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】请问质谱数据如果分析、搜索、处理？


分离纯化了一个未知的蛋白质，交给外面的公司做了酶切和MALDI-TOF，返回来一些数据，想自己先分析一下，实验室没有人做过这方面的。请问如何分析搜索？去哪个数据库和网站？谢谢。
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xingyi08[使用道具]
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发表于 2014-3-23 22:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想请问一下你是怎么分离纯化的？最近我是通过2-D找未知蛋白，但是结果一直不好，想看一下还有没有其他的方法，先谢谢了
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流星锤[使用道具]
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发表于 2014-3-23 22:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
过柱纯化啊，离子-疏水-离子-凝胶层析
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remonte[使用道具]
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发表于 2014-3-23 22:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

用Mascot就可以了
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发表于 2014-3-23 22:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问你在哪个公司做的质谱?价格怎么样？
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bluelake[使用道具]
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发表于 2014-3-23 22:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想通过2-DE找差异表达的蛋白质，然后对其纯化，是苹果叶片蛋白质，一直不知道用什么方法纯化特异蛋白质好；另外，请公司作抗体的话，到底需要多少纯化的蛋白质（单克隆抗体和多克隆抗体各需蛋白多少）？
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发表于 2014-3-23 22:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
质谱结果出来后，它会给你一个报告单，里面是一些质子数吧（MS），然后你将这些数据上传到cuturl('http://www.proteomics.com.cn/')这个网站的mascot或者直接搜索mascot，到它的主页上就可，把你的数据上传后，他会给你一个分析说明，里面说明是什么蛋白的，可能性有多大，哪些质子数对应，哪些没有。
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jiushikeshui371[使用道具]
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发表于 2014-3-23 22:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

大家好，我们课题中要用到DIEG技术，血清蛋白质组学方面的，
不过我们学校目前做不了，要送到外面做，
我想请教下哪些实验室或者公司可以对外服务啊，
最好有联系电话和联系人，
谢谢啦！
标本已经收集好了，如果质量上乘、价格合理，应该很快就能做了。
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发表于 2014-3-23 22:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

相关疾病：
电击伤
验证MALDI-TOF质谱鉴定结果
进入cuturl('http://www.expasy.org/') 网站，
在Databases下点击UniProt Knowledgebase ，
在新窗口右上点击Proteomics tools，
在Protein identification and characterization 下点击Mascot，
接下来选择Peptide Mass Fingerprint进入 MASCOT Peptide Mass Fingerprint 填表界面。
主要填表项说明：
Email 必填
Database 一般选SwissProt
Taxonomy 根据你的样品来源选择
Enzyme 选Trypsin
Allow up to 选1个错切
Fixed modifications 选Carbamidomethyl （C）
Variable modifications 选Oxidation （M）
Peptide tol 选0.2 Da
Mass values 选MH＋
Monoisotopic 为默认
然后导入质谱分析结果包含Mass list 数据的文件，或在Query栏中手工输入蛋白的Mass list 数值，最后点击Start Search...
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PPT[使用道具]
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 小中大

lz只做了一级么?
用pmf搜库的可信程度......应该不高吧
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