【求助】知道某一种蛋白质的编号，如何下手进一步...

蛋白质与蛋白组学 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】知道某一种蛋白质的编号，如何下手进一步...

21 1/3 1 2 3 ››

需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:【求助】知道某一种蛋白质的编号，如何下手进一步...

ququer787[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77499
精华 1
积分 469
帖子 553
信誉分 102
可用分 3661
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2014-4-5 11:43 资料个人空间短消息加为好友

小中大

相关疾病：
电击伤
知道某一种蛋白质的编号，如何下手进一步查询该蛋白质的功能及结构？
我在NCBI上输入蛋白质的编号（如图1），然后在点击protein数据库进入，如图2，进一步该蛋白质的编号，显示如图3，但是我完全看不懂这张图，哪位高人可以指导我进一步该如何操作或者查询以得到该蛋白质的具体结构功能及相关信息！！

附件

2014-4-5 11:43

67958597.snap.jpg (62.31 KB)

ququer787[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77499
精华 1
积分 469
帖子 553
信誉分 102
可用分 3661
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2014-4-5 11:43 资料个人空间短消息加为好友

小中大

附图2，进入该蛋白质的条目

附件

2014-4-5 11:43

13067186.snap.jpg (31.33 KB)

ququer787[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77499
精华 1
积分 469
帖子 553
信誉分 102
可用分 3661
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2014-4-5 11:45 资料个人空间短消息加为好友

小中大

如图3，进入该蛋白质的具体信息，下一步我该怎么办呢，这些东西感觉都看不懂，不知道哪些重要哪些不重要？！
图片太大了，只好打包发上来了，各位帮我看看啊，我真的很急需要在十一期间完成10个蛋白质的分析工作，但是我又完全没有接触过这些东西所以很急啊！！各位多多帮忙啊！！

whitesheep[使用道具]
四级
Rank: 4

UID 78856
精华 0
积分 825
帖子 1330
信誉分 100
可用分 7476
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-4
状态离线

发表于 2014-4-5 11:45 资料个人空间短消息加为好友

小中大

1. 如果是已知蛋白功能，查paper
2. Blast一下，看一下它的同源蛋白（如果有）是些什么功能；
3. 以前有个在线软件叫motif scan，好久没用了，你可以试试或者相近的软件。看看有些什么保守的motif。
4. yunerwenyu 版主有个帖子，叫熟悉cuturl('http://expasy.org/')
这个是非常有用的，自己到里面逛逛吧。
Bless

12xunmei[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 108881
精华 0
积分 294
帖子 247
信誉分 100
可用分 1937
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态离线

发表于 2014-4-5 11:46 资料个人空间短消息加为好友

小中大

可以试一试PdbViewer,
cuturl('http://www.expasy.org/spdbv/text/getpc.htm')
输入蛋白序列,转换为FASTA格式,可以自己编辑下,很简单的,或直接在下面的网站里贴进序列,进行转换,
cuturl('http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/readseq/')
将FASTA格式的序列以*.txt的格式保存.
打开PdbViewer,点''swissmodel''->''load raw sequence to model''->打开*.txt->''find appropriate Ecpdb templates''->''submit''->''download ExPdb'', save->open PDB file
功能有好多,自己就可以玩啦
我具体也不是做结构解析的,好多细节不清楚,
一会儿yuner会来接手这个帖子,
OK?

12xunmei[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 108881
精华 0
积分 294
帖子 247
信誉分 100
可用分 1937
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态离线

发表于 2014-4-5 11:47 资料个人空间短消息加为好友

小中大

如图3，进入该蛋白质的具体信息，下一步我该怎么办呢，这些东西感觉都看不懂，不知道哪些重要哪些不重要？！
图片太大了，只好打包发上来了，各位帮我看看啊，我真的很急需要在十一期间完成10个蛋白质的分析工作，但是我又完全没有接触过这些东西所以很急啊！！各位多多帮忙啊！！

==========================================================================================

这张三图，就可以了啊
首先里面有关于这个蛋白的重要文献。
不过我建议你还是到
ttp://expasy.org/
查找你的蛋白。
如果不知道在expasy的序列号，你可以用blast在expasy里面找，
我个人认为expasy更加的专业、详细，而且里面会把文献中关于这个蛋白的跨膜、活性位点、功能区都有详细的描述。
此外请你说说你要分析那些内容啊？

ffaa[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 72870
精华 0
积分 416
帖子 511
信誉分 100
可用分 3396
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-15
状态离线

发表于 2014-4-5 12:02 资料个人空间短消息加为好友

小中大

功能推荐使用NCBI的gene模块,既有相关搞定信息,又有大量的参考文献,一举多得:
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=gene')
结构有很多,如果是做药物需要详细了解三维结构的,我觉得PDB数据库是很不错的:
cuturl('http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do')
蛋白数据比较全的可以参考yunerwenyu版主的expasy,相当专业:
cuturl('http://expasy.org/')

小螺号[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 74175
精华 0
积分 291
帖子 321
信誉分 100
可用分 2356
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-7
状态离线

发表于 2014-4-5 12:03 资料个人空间短消息加为好友

小中大

cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=9057619&sty=3&keywords=expasy')

jude[使用道具]
四级
Rank: 4

UID 72164
精华 1
积分 599
帖子 754
信誉分 102
可用分 4721
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-9-5
状态离线

发表于 2014-4-5 12:04 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我劝大家去试试cuturl('www.genecards.org.') 虽然我们查蛋白功能也用NCBI和EXPASY, 但大部分时间是用GENECARDS的，它的信息是最全面的，最有用的是pubmed articles和diseaase relationships,似乎是经过手工筛选的。大家可以试试看。

ququer787[使用道具]
三级
Rank: 3

UID 77499
精华 1
积分 469
帖子 553
信誉分 102
可用分 3661
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态离线

发表于 2014-4-5 12:05 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我劝大家去试试cuturl('www.genecards.com.') 虽然我们查蛋白功能也用NCBI和EXPASY, 但大部分时间是用GENECARDS的，它的信息是最全面的，最有用的是pubmed articles和diseaase relationships,似乎是经过手工筛选的。大家可以试试看。

========================================================

您说的cuturl('www.genecards.com')怎么用啊,感觉怪怪的,不像是生物网站啊!!

附件

2014-4-5 12:05

56537188.snap.jpg (63.66 KB)

21 1/3 1 2 3 ››