【求助】LCQ结果分析

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标题:【求助】LCQ结果分析

3648755[使用道具]
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发表于 2014-4-5 21:38 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请问，我做了2DE后，把图上的所有蛋白点切下后进行了LCQ（lc/ms-ms)分析，得到的每个蛋白点的肽段信息很多，为很多蛋白，请问这样的结果如何分析和整理？谢谢！！

tie8[使用道具]
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发表于 2014-4-5 21:39 资料个人空间短消息加为好友

小中大

进行肽指纹图谱分析，根据所得结果进行判断，看看可能是哪种蛋白！

3648755[使用道具]
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发表于 2014-4-5 21:39 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我的结果是用SEQUEST软件分析的，公司给我的结果里，每个点都列了很多蛋白，要怎样整理结果呢，也就是怎样整理成文章里的表格，我看了很多文献都是一个点只对应一个蛋白。谢谢指点！！

ffooll[使用道具]
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发表于 2014-4-5 21:40 资料个人空间短消息加为好友

小中大

你的filter设置了么？没有设置的话sequest得到的大部分都是假阳性，建议提高Xccor值和peptide probability

ffooll[使用道具]
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发表于 2014-4-5 22:04 资料个人空间短消息加为好友

小中大

对了，你的bioworks browser是什么版本的，老版本的filter设置功能比较少，你可以考虑用DTAselect.

小螺号[使用道具]
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发表于 2014-4-5 22:07 资料个人空间短消息加为好友

小中大

peptide filter:
Cross-correlation score > 1.5, 2.0 and 2.5 for charge states +1, +2 and +3, respectively; Delta Correlation >0.1; Primary Score >200; Ranking of the Primary Score <3; and percent fragment ions >30%.
Protein: 2 peptide match, reasonable MW and PI.
一个点多个蛋白是很正常的事情。

3648755[使用道具]
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发表于 2014-4-5 22:08 资料个人空间短消息加为好友

小中大

我的搜索条件是搜索使用的数据库为NCBI insecta 蛋白库,SEQUEST结果过滤参数为：当Charge +1，Xcorr≥1.9; 当Charge +2，Xcorr≥2.2; 当Charge +3，Xcorr≥3.75;其中DelCN≥0.1
每个蛋白点有的搜到二、三十个蛋白，这样的结果正常吗！
谢谢！！！

小螺号[使用道具]
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发表于 2014-4-5 22:08 资料个人空间短消息加为好友

小中大

可能的。虽然ncbi的NR数据库是no redundant, 但不同的种属，不同的isoform都是一条信息，所以往往一个或几个多肽对应多个蛋白是很正常的，所以考虑到角蛋白污染和胰酶的存在，加上你的目的蛋白。 30个蛋白是可能的。
LCQ的灵敏度不高，但考氏染色肉眼可见的点可以监测到蛋白，如果大一点的点检测5-6个唯一蛋白都是可能，但是如果每个点都检测到20-30个唯一的蛋白，而且不是在可能的分子量和PI的范围，应该检查你的检索参数。

vera+[使用道具]
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发表于 2014-4-5 22:09 资料个人空间短消息加为好友

小中大

QUOTE:

原帖由 3648755 于 2014-4-5 22:08 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
我的搜索条件是搜索使用的数据库为NCBI insecta 蛋白库,SEQUEST结果过滤参数为：当Charge +1，Xcorr≥1.9; 当Charge +2，Xcorr≥2.2; 当Charge +3，Xcorr≥3.75;其中DelCN≥0.1
每个蛋白点有的搜到二、三十个蛋白，这样的结果 ...

1.9,2.2,3.75是人类血浆蛋白质组计划提出的一套数据标准，这个标准已经很老了。已经有文献提出对于不同的样本应该使用不同的判据标准。现在07年，如果你还用这套标准，编委很可能会质疑这个问题。对于你的数据过滤，你可以用搜索反转数据库方法，并使用dtaselect软件过滤数据，或者使用peptideprophet软件，这两个软件都是可以免费下载的。现在蛋白质组学的期刊，对质谱数据的描述要求非常严格，可以说异乎寻常的严格，如果你要发文章，你的质谱数据的解析，最好找一些比较熟悉这方面的人帮帮忙，否则，被拒的可能性非常大。

3648755[使用道具]
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发表于 2014-4-5 22:09 资料个人空间短消息加为好友

小中大

dtaselect和peptideprophet这两个软件在那里可下到？怎么用？谢谢！！

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