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标题:【求助】哪种质谱可测蛋白质的序列？

owanaka[使用道具]
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发表于 2014-4-12 14:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】哪种质谱可测蛋白质的序列？


我做一种花卉的蛋白质组学，双向完了，本打算做MALDI-tof，但有行家说不合适，建议我做序列，我搞不懂呀，用哪种质谱方法可以做，得花多少钱，主要是我这资金紧缺，帮洒家一把，给个建议，急死了。谢谢！
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发表于 2014-4-12 14:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你可以酶切后做指纹图谱，之后上相关网站上去比对，无法匹配确定的蛋白可以采用Edman 降解法测定N-端的氨基酸残基序列，大概200元1个残基。
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owanaka[使用道具]
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发表于 2014-4-12 14:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢，很好的建议，知道哪里作质谱比较便宜吗？
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发表于 2014-4-12 14:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

对不起,刚才不在.指纹图谱我知道上海基康可以做,收费大概是600,质量我就不知道了,我在那作过MALDI-tof还不错.你可以在网上搜一下很多实验中心可以做的.
Edman 降解法测定N-端的氨基酸残基序列,我是在中国医学科学院基础部做的,很好!
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utt0989[使用道具]
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发表于 2014-4-12 14:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

1、楼上的大哥，你那里作肽指纹图谱（PMF）质谱也太贵了吧？！在北京，做PMF绝对比上海便宜多得多了！！
2、如果是因为数据库中没有楼主你的蛋白序列（即，你的蛋白是全新蛋白），无论进行何种质谱，鉴定都很困难！总不能用Edman 降解法测定蛋白全长吧？呵呵
3、如果不是测定全新蛋白的话，根本不需要做Edman 降解法测定N-端的氨基酸残基序列。就鉴定同源蛋白来说，它并不是最优选择，例如，N端降解的蛋白或被剪切过的蛋白。并且算下来价格也很高（〉1000）！
4、最后，个人建议楼主作串联质谱（MADLI-TOF-TOF或ESI-Q-TOF），同样可以得到序列，价格适中。特别是MADLI-TOF-TOF较为便宜，如果在北京，并不比楼上说的PMF的价格贵！呵呵
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079777chao[使用道具]
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发表于 2014-4-12 14:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
同意 楼上 的观点，做 MADLI-TOF-TOF是比较合适的方法。我在北京基诺博实做过几个质谱，他们帮助数据检索，作的结果还可以。
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发表于 2014-4-12 14:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

MS/MS都可以得到序列，MALDI-TOF-TOF，或者ESI-TRAP，Q-TOF啥的，随你了
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发表于 2014-4-12 15:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
到北京蛋白质组研究中心，用4800maldi tof ms/ms，几百块吧。这里价格很便宜。
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mimili_901[使用道具]
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发表于 2014-4-12 15:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

Generally, ESI-FTMS (from thermo co.) Qstar which is ESI-Q-TOF(from Aplied biosystem co.)
both can be used as effective MS/MS detector for proteomics.
someone use LTQ(linear ion trap) or Orbitrap, I never use them, so don't know their power capacity.
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bamboo16[使用道具]
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发表于 2014-4-12 15:05 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

这个我不懂, 不过学科建设需要, 我们买了一台Autoflex Ⅲ™ MALDI TOF飞行时间质谱仪, 他的功能介绍说可以测序的。可以预见以后我们自己肯定用的不多，到时欢迎有需要的战友来开发。
附上参数供懂行人参考：
1．质量范围： > 500,000 Da
2．分辨率： 线性分辨率 > 4,000 （样品为多肽）
反射模式的分辨率 > 20,000（样品为胰岛素）
3。灵敏度:
线性模式的灵敏度: 1fmol，信噪比大于100：1 （样品为多肽）
反射模式的灵敏度: 1fmol，信噪比大于100：1 （样品为多肽）
100 attomol ，信噪比大于20：1（样品为neurotensin）
4．分辨率和灵敏度
能同时获得高分辨率和灵敏度
分析10fmol/ul ACTH clip 18-39，可获得10,000分辨率
5． 质量准确度
线性模式质量准确度 内标法：质量准确度≤ 35ppm
(多肽) 外标法：质量准确度≤ 100 ppm
反射模式质量准确度 内标法：质量准确度≤ 10 ppm
（多肽） 外标法：质量准确度≤ 50 ppm
串联质谱模式质量准确度：≤ 150 ppm
6．串联质谱功能
   拥有LID（Laser induce dissociation）、CID(collsion induce dissociation)、ISD(in source decay) 以及LIFT 等不同的串联质谱功能，其中CID的碰撞能量可达8Kev,能能够区别亮氨酸与异亮氨酸。
   MS/MS预选离子能力强： 分辨率大于200（FWHM）
   串联质谱的灵敏度：2fmol Glu-Fib,碎片1056的S/N>10
7．反射器源内衰减功能（ISD）
ISD功能强，准确度高，可对大蛋白进行直接检测，不需酶解
8．稳定性
外较准能保持24小时（多肽混合物）
9．蛋白质谱图数据库搜索软件（Biotools）
具备IntraNet和Internet功能，使用MASCOT搜索引擎
此软件支持肽谱、MS/MS谱、Mass tag及De-novo sequencing
三、主要的应用范围和功能
1、蛋白质研究
精确的分子量测定；宽广的线性范围提供了精确定量的能力。
肽质量指纹图普鉴定蛋白质
1)  蛋白质序列鉴定，如denovo多肽测序
2)  拥有LID、CID、ISD以及LIFT 等不同的串联质谱功能，其中CID的碰撞能量可达8Kev,能能够区别亮氨酸与异亮氨酸，得到质量非常高的MS/MS图谱。
3)  翻译后修饰的发现和鉴别，如磷酸化分析、糖蛋白分析以及二硫键的分析
2、基因组学：可以做SNP分析
3、其他方面：smatb
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