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标题:【求助】双向电泳后质谱相关问题

sr9971[使用道具]
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发表于 2014-4-21 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】双向电泳后质谱相关问题


我做完双向电泳后，进行了考染，用肉眼可以可以看到2个差异点，但是点不大、直径1mm，颜色也不是很深，但是可以看到。
请问各位：这样的差异点可以做质谱吗？可以测出来吗？
另外，进行银染后，这2个差异点直径有2mm，颜色很深。
请问用哪种染色方法得到的点做质谱成功率高些呢？
谢谢!
哪家公司质谱好呢？测不出来的点要收费吗？
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ritou1985[使用道具]
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发表于 2014-4-21 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

一般来说，考染能看到的点，质谱鉴定的成功率较高，但也不一定，还取决于其它因素，如蛋白分子量，高分子量的蛋白可能产生的酶切片断较多，鉴定到的机会大，另外蛋白中易于被酶切和质谱鉴定的肽段多少也有关系。
如果是考染和银染选择，我会选择考染。因为银染还要脱盐，盐离子过高会影响鉴定，而且考染的上样量可以较高。
另外，如果你的点与周围的点分离的较好，可以加大上样量，或者多张胶上同点合并酶切。
建议用串联质谱，这样的数据比PMF更可信，可以用AB公司的4800 MALDI-TOF-TOF。
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sr9971[使用道具]
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发表于 2014-4-21 15:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #2 ritou1985 的帖子

谢谢你的建议哦，串联质谱太贵了，先做个初步的吧。那我就选择考染的吧。
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莲花白[使用道具]
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发表于 2014-4-21 15:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

如果你是比较蛋白质组学研究,建议考染后做质谱,银染后做图.
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ending[使用道具]
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发表于 2014-4-21 16:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问你在哪个城市？在你那打质谱的话一个点大概要多少钱呢？
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nut6694[使用道具]
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发表于 2014-4-21 16:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我认为考染和银染点做质谱各有优缺点。一般来说，大家都认可考染鉴定的机率要高一些，可以说是只要在考染图上内眼看得到的点，理论上都是可以用质谱做出结果的，当然结果到底如何，主要还要看酶解得好不好了，还和蛋白的理化性质有关。但是考染所需的上样量比银染几乎大了10倍，这样一来，考染时一些分子量和等电点极相近的蛋白点会分不开，而成为一个混合蛋白点，鉴定出的结果不一定可靠。而银染上样量很小，可以将挨得很近的点很好的分开，挖的点更纯些，鉴定的结果可能会更可信些。我就用考染和银染做了比较，发现用考染时是一个点，但用银染时其实变成了两个挨得很近的点，而刚好这个“多”出来的点是对照组所没有的点，质谱鉴定出来后结果很好，刚好是一个功能很重要的差异点！所以很庆幸用了银染并分离到了这个点。另外，我用100微克上样量挖的点都是很小的点，质谱结果还不错，不比考染差。
以上仅为个人看法，仅供参考。
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docsy[使用道具]
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发表于 2014-4-21 16:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

可是据说银染会影响后续的分析是么？呵呵，本人是新手，请指教：）
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wood533[使用道具]
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发表于 2014-4-21 16:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

银染中用的醛类会对蛋白修饰,质谱出来结果不可靠,只有做串联才能比较确定蛋白,光做个MALDI等于是废的.
一般先做银染找差异,因为它的分辨率高;现在也可用HS-CCB染,灵敏度也可以的
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sr9971[使用道具]
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 小中大
做电喷雾离子阱质谱LC-MS-MS成功率高吗?
与串联质谱相比有什么优缺点呢?
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