CIF检测中出现的A,B等类错误的说明

  关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明,共8份----1-3

  关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明,共8份-1

  一般分为8类,分别为:

  # _0xx - general

  # _1xx - cell/symmetry

  # _2xx - adp-related

  # _3xx - intra geometry

  # _4xx - inter geometry

  # _5xx - coordination geometry

  # _6xx - void tests

  # _7xx – various test

  下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家,希望能对您有所帮助!

  _201 检测分子结构主体中各向同性的非氢原子,各向同性在通常的精修中并不常用,只是在处理无序是才用到。

  _202 检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子

  _211 检测主体分子的NPD ADP's 。检测主体分子中各相异性参数中负值部分

  _212 检测溶剂或阴离子分子的NPD ADP's 。检测溶剂或阴离子分子中各相异性参数中负值部

  _213 主体分子中ADP maximum/minimum 比例检测,较大的值意味着无序没有处理。

  _214 溶剂或阴离子中ADP maximum/minimum 比例检测,较大的值意味着无序没有处理。

  _220 检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag)

  _221 检测非主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报

  _222 检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报

  _223 检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报

  _230, _233 : Hirschfield 刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各相异性参数,无序或过度精修可能会导致

  大小不一。原子的错误判定也会有这样的结果。DELREF 技术 (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重原子

  的键有较大的 DELU 值

  _241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。原子的U(eq) 值会被拿去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较,

  如果值太大,可能是原子定错了。

  _013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度

  _020 : 检测 R(int)。R(int)最好小于0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的R(int) 没什么意义

  _021 : 检查 观测衍射数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单元中的数目。对于中心对称的结构,期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称结构则小于2。超过这些数据可能是:对称性消光没有从观测数据中消除或采用过多的数据进行精修

  _022 :检测完整度,检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率

  _023 : Check θmax。检测分辨率。当sin (θ)/λ <0.6时,发布警告。

  _024 : 检测优化的平均Friedel 对。对于含有比硅轻的原子的MoKa 数据,平均Friedel 对是优先的。SHELXL97 精修中采用MERG 4。

  _025 : 检查 h,k,l范围

  _026 : 检查弱点,检查2σ以上的独立数据的衍射是否充分

  _030 检测精修的消光参数是否有意义,检测它的值是否明显大于相应的s.u。如果不是,这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为3.33 s.u

  _032 检测Flack 参数的S.U.

  _033 检测Flack参数偏离零的程度,即检查绝对构型的正确性。

  _040 检查化合物中碳原子上是否有氢原子

  _041 比较报道的与计算的总分子式Compare the Reported and Calculated Sum Formula

  _042 比较报道的与计算的残基分子式Compare the reported and Calculated Moiety Formula

  _043 比较报道的和计算的分子量Compare Reported and Calculated Molecular Weight

  _044 比较报道的和计算的分子量密度

  _045 比较报道的和计算的Z值

  _046 检测报道的Z, MW, D(calc) 是否一致

  _050 检测给出的mu值

  _051 测试报道的和计算的mu 的差别。

  _052 测试吸收校正方法的条件

  _053 测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min的条件

  _054 测试晶体尺寸中间值

  _055 测试晶体尺寸最大值

  _056 检测晶体半径Test for specification xtal_radius

  _057 检测必需的吸收校正Test for absorption correction needed

  _058 检测规定的最大透过率Tmax

  _059 检测规定的最小透过率Tmin

  _060 RR Test

  _061 RR' Test

  _062 Rescale Tmin & Tmax

  _063 测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray束。例外的情况是使用β滤波器和足够大的准直仪。

  _064 Test for T(max) .GE. T(min)

  _065 检测(半)经验吸收校正的应用情况est for applicability of (semi-)empirical abs.corr.

  _070 检测原子标签的重复情况Test for duplicate atom labels

  _071 检测是否有无法解释的标签

  _080 检测最大的漂移/误差 比值 maximum shift/error

  _081 检测给出的漂移/误差 比值Test for maximum shift/error given

  _082 检测合理的R1 值

  _084 检测合理的 R2值

  R2 一般是基于F2精修出的R1的两倍

  _086, _087 检测合理的 S 值

  _088 检测合理的Data / parameter 比值 (中心对称)

  _089检测合理的Data / parameter 比值(非中心对称)

  _095 检测给出的最大残余密度

  _096 检测给出的最大残余密度

  _097检测给出的最大残余密度

  _098检测给出的最小残余密度

  _099检测给出的小于0的最小残余密度

  _410, _413 : 检测分子键或分子内短程的H----H相互作用。当对称性错误的时候,空间群错误时(偏低或偏高)

  按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本应不存在,这是就可能会产生果断的相互作用。短程分子内

  作用可能源于H原子被放错误计算出来的原子上。也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而造成错的错误

  (比如 2代替了“-1”),当忽略晶胞转换时常发生。短相互作用用1.2A的范德华半径来表示,对分子间弱相互作

  用警报发生于距离短于2.4A。对分子内来说,警报值发生在小于2.0A。这种警报对团簇构型很有意义,尤其是

  当氢原子按照理想位置参与计算时

  _412 & _413报告CH3 H-atoms的相互作用,这些氢最好采用理论计算方法获取。

  _416 : 检测 分子内D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关

  _417 : 检测 分子间D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关

  _420 : 检测 D-H 没有受体用通常的氢键标准判断,氢键受体必须潜在。对OH和常见的 -NH and -NH2很少有例

  外。通常出现的错误是:A common -OH 上氢键指向有误。.

  _430 : 检测 D..A 距离。通常在D..A距离小于范德华半径之和减去0.2时,会警报。

  _431 : 检测 Hl...D 距离,检测与卤素有关的分子间的距离

  _432 : 检测分子间距离