小中大CIF检测中出现的A,B等类错误的说明
关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明,共8份----1-3
关于CIF检测中出现的A,B等类错误的说明,共8份-1
一般分为8类,分别为:
# _0xx - general
# _1xx - cell/symmetry
# _2xx - adp-related
# _3xx - intra geometry
# _4xx - inter geometry
# _5xx - coordination geometry
# _6xx - void tests
# _7xx – various test
下面我们分几次把问题的简要说明翻译成献给大家,希望能对您有所帮助!
_201 检测分子结构主体中各向同性的非氢原子,各向同性在通常的精修中并不常用,只是在处理无序是才用到。
_202 检测溶剂分子或阴离子中各向同性的非氢原子
_211 检测主体分子的NPD ADP's 。检测主体分子中各相异性参数中负值部分
_212 检测溶剂或阴离子分子的NPD ADP's 。检测溶剂或阴离子分子中各相异性参数中负值部
_213 主体分子中ADP maximum/minimum 比例检测,较大的值意味着无序没有处理。
_214 溶剂或阴离子中ADP maximum/minimum 比例检测,较大的值意味着无序没有处理。
_220 检测主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报。太高或太低的值表明原子可能定错(i.e. Br versus Ag)
_221 检测非主体结构非氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报
_222 检测主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报
_223 检测非主体结构氢原子Ueq(max)/Ueq(Min)范围。对比平常之大的比值发出警报
_230, _233 : Hirschfield 刚性键检查。相近化学特征的原子应具有相同程度的各相异性参数,无序或过度精修可能会导致
大小不一。原子的错误判定也会有这样的结果。DELREF 技术 (e.g.DIFABS, SHELXA, XABS2) 校正的数据通常对含重原子
的键有较大的 DELU 值
_241, _242 检测相对于相邻原子过高或过低的U(eq)值。原子的U(eq) 值会被拿去与所有非氢原子的平均U(eq)去比较,
如果值太大,可能是原子定错了。
_013 : 检测报告与衍射范围和数据的完整度
_020 : 检测 R(int)。R(int)最好小于0.1。但是基于非常有限数量的平均数据的R(int) 没什么意义
_021 : 检查 观测衍射数目/期望数目的比值 期待数目对应于劳埃群的不对称单元中的数目。对于中心对称的结构,期望币值为小于或等于1.0;对于非中心对称结构则小于2。超过这些数据可能是:对称性消光没有从观测数据中消除或采用过多的数据进行精修
_022 :检测完整度,检测报道的独立衍射点与期望的给定的分辨率
_023 : Check θmax。检测分辨率。当sin (θ)/λ <0.6时,发布警告。
_024 : 检测优化的平均Friedel 对。对于含有比硅轻的原子的MoKa 数据,平均Friedel 对是优先的。SHELXL97 精修中采用MERG 4。
_025 : 检查 h,k,l范围
_026 : 检查弱点,检查2σ以上的独立数据的衍射是否充分
_030 检测精修的消光参数是否有意义,检测它的值是否明显大于相应的s.u。如果不是,这个参数应从结构模型精修中删除。目前默认值为3.33 s.u
_032 检测Flack 参数的S.U.
_033 检测Flack参数偏离零的程度,即检查绝对构型的正确性。
_040 检查化合物中碳原子上是否有氢原子
_041 比较报道的与计算的总分子式Compare the Reported and Calculated Sum Formula
_042 比较报道的与计算的残基分子式Compare the reported and Calculated Moiety Formula
_043 比较报道的和计算的分子量Compare Reported and Calculated Molecular Weight
_044 比较报道的和计算的分子量密度
_045 比较报道的和计算的Z值
_046 检测报道的Z, MW, D(calc) 是否一致
_050 检测给出的mu值
_051 测试报道的和计算的mu 的差别。
_052 测试吸收校正方法的条件
_053 测试晶体尺寸最小值xtal_dimension_min的条件
_054 测试晶体尺寸中间值
_055 测试晶体尺寸最大值
_056 检测晶体半径Test for specification xtal_radius
_057 检测必需的吸收校正Test for absorption correction needed
_058 检测规定的最大透过率Tmax
_059 检测规定的最小透过率Tmin
_060 RR Test
_061 RR' Test
_062 Rescale Tmin & Tmax
_063 测试晶体尺寸最小的一个尺寸应远大于采用的Xray束。例外的情况是使用β滤波器和足够大的准直仪。
_064 Test for T(max) .GE. T(min)
_065 检测(半)经验吸收校正的应用情况est for applicability of (semi-)empirical abs.corr.
_070 检测原子标签的重复情况Test for duplicate atom labels
_071 检测是否有无法解释的标签
_080 检测最大的漂移/误差 比值 maximum shift/error
_081 检测给出的漂移/误差 比值Test for maximum shift/error given
_082 检测合理的R1 值
_084 检测合理的 R2值
R2 一般是基于F2精修出的R1的两倍
_086, _087 检测合理的 S 值
_088 检测合理的Data / parameter 比值 (中心对称)
_089检测合理的Data / parameter 比值(非中心对称)
_095 检测给出的最大残余密度
_096 检测给出的最大残余密度
_097检测给出的最大残余密度
_098检测给出的最小残余密度
_099检测给出的小于0的最小残余密度
_410, _413 : 检测分子键或分子内短程的H----H相互作用。当对称性错误的时候,空间群错误时(偏低或偏高)
按照错误的对称操作衍生出来的原子上的氢原子本应不存在,这是就可能会产生果断的相互作用。短程分子内
作用可能源于H原子被放错误计算出来的原子上。也有可能是标志着分子位于不合适的点操作上而造成错的错误
(比如 2代替了“-1”),当忽略晶胞转换时常发生。短相互作用用1.2A的范德华半径来表示,对分子间弱相互作
用警报发生于距离短于2.4A。对分子内来说,警报值发生在小于2.0A。这种警报对团簇构型很有意义,尤其是
当氢原子按照理想位置参与计算时
_412 & _413报告CH3 H-atoms的相互作用,这些氢最好采用理论计算方法获取。
_416 : 检测 分子内D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关
_417 : 检测 分子间D-H .. H-D 作用。主要与放错位置的无序有关
_420 : 检测 D-H 没有受体用通常的氢键标准判断,氢键受体必须潜在。对OH和常见的 -NH and -NH2很少有例
外。通常出现的错误是:A common -OH 上氢键指向有误。.
_430 : 检测 D..A 距离。通常在D..A距离小于范德华半径之和减去0.2时,会警报。
_431 : 检测 Hl...D 距离,检测与卤素有关的分子间的距离
_432 : 检测分子间距离