【求助】蛋白质组研究路线

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标题:【求助】蛋白质组研究路线

linlinstar[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:36 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请问蛋白质组研究的实验路线有几种?
我就知道先跑2D,找差异蛋白,MS测序,分析蛋白立体结构.
还有其他的路线吗?

911[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:36 资料个人空间短消息加为好友

小中大

shotgun strategy: sample->enzyme digestion-> SCX ->RPLC-> MS/MS
上面是一条很经典的蛋白质分析策略，当然在这条路线的前面可以再加上全蛋白的预分离，就肽段的分离也有其它的方式。
最近几年 JPR，MCP，Proteomics这些期刊的IF一路飙升，而electrophoresis的if一直变化不大。很奇怪，园子里大家还是都围绕着2D在讨论，很少提及液相色谱。2D不利于膜蛋白质的分析和低丰度蛋白质的检出。

am10[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:37 资料个人空间短消息加为好友

小中大

蛋白质的研究技术路线通常为：
细菌培养收集－－样品蛋白提取（最为关键）－－浓度测定－－２Ｄ电泳－
　　　（银染）－－图象处理分析（寻找蛋白图谱中差异显示蛋白）
－染色
　　　（考染）－－蛋白点挖取－－质谱鉴定－－数据库搜索
做２Ｄ人为因素比较大，运气成分也很多，多看文献，参考别人的相关方法

qqq111[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:38 资料个人空间短消息加为好友

小中大

学蛋白质的人怎么一起交流？我来告诉你
我觉得加入一个群，是非常有帮助的
我知道有个蛋白质群非常好：11318001
希望对大家有所帮助！

yhz1973[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:40 资料个人空间短消息加为好友

小中大

其实质谱分析完还只是第一步，我们仅仅是找到了有功能的差异蛋白。往后还有很多工作可以做，如果你鉴定的蛋白在你的材料物种中没有克隆，你可以做同源克隆，分析序列水平的变化；可以分析RNA表达水平变化；可以进行基因定位，等等。
就蛋白层面，还可以做相互作用。若蛋白蛋白相互作用，蛋白与小分子物质相互作用等。
我了解的也有限，希望对大家有所帮助。

linlinstar[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:40 资料个人空间短消息加为好友

小中大

楼上说的很对,不过也难怪,2D虽然是蛋白质组研究的最基础部分,但对于大部分人来说,都是刚接触不久,况且2D技术不太好掌握.我想随着研究的继续深入,大家讨论的重点也会转移的.

KGZ564[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:41 资料个人空间短消息加为好友

小中大

楼上说的很对，2D不利于膜蛋白及碱性蛋白的分离。
蛋白质组的研究路线还有LC-MS/MS。例如shotgun技术，先全蛋白酶切，再离子交换分离及反相分离，然后做MS-MSMS鉴定。这是蛋白鉴定方面，在蛋白酶切前或后加以同位素标记，再做分离和质谱分析，通过质谱中成对峰的峰面积或峰高比例可以实现蛋白的相对定量，目前定量蛋白质组学研究很热，因为这有利于生物marker的寻找。同位素标记方法很多很多，体内标记方法有细胞培养氨基酸稳定同位素标记（stable isotope labeling with amino acids in cell culture，SILAC），体外化学标记方法有基于巯基反应的亲和标签技术(isotope-coded affinity tags, ICAT)，酰基化标记技术，18O标记方法，酯化标记方法等。

linlinstar[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:41 资料个人空间短消息加为好友

小中大

对于低丰度蛋白,有什么好的方法或技术来检测吗?

PINK[使用道具]
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发表于 2014-5-16 17:42 资料个人空间短消息加为好友

小中大

在质谱检测过程中，高丰度的蛋白质对低丰度有很强的抑制作用，可以使用免疫亲和柱，去除部分高峰度的蛋白质，这样有利于低丰度蛋白质的检出

hold住[使用道具]
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