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当你确定了蛋白A和B之间存在相互作用之后,如果想再确切的研究两者相互作用的结构域,可以根据某前文献所能提供的A和B的结构信息或者通过生物信息学预测他们的结构信息,然后分别构建A和B的截断体和缺失体,构建好的A/B的截断体和缺失体和B/A的全长进行相互作用验证,最后根据那些截断体和缺失体有相互作用,那些没有就可以分析得出相互作用的结合区。上面说的是Co-IP体系通用的。如果你是用Y2H检测的话,也是构建相应的截断体或者缺失体,然后通过检测报告基因的活性就可以确定相互作用结合区了。当然,如果这个结合区的确是某个特殊的功能结构域的话,我们才可以说相互作用结构域或者Motif了。