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标题:【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

sunbent[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【转载】【讨论帖】snp、测序问题专贴

为方便大家提出和回答问题
特开辟本贴，希望大家支持。
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jujuba[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我的目的基因片段连到载体上后 为什么测序时目的基因片段出现碱基丢失啊 最多的一个少了有10几个碱基 我的cdna模板应该没问题的，请教这是什么原因？要从哪些方面考虑 谢谢啊
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tuuu2[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

一般丢失掉是在那一段
你的载体序列是否完整，还有你插入了多大片断？
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fsdd817[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:44 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我送了三个重组质粒测序，有一个是目的基因的中段丢失了10几个碱基，另外两个是在目的基因的两端出现碱基丢失，不过只是丢失一两个碱基。我插入的片段有900多bp，我用的是pcDNA3.1载体，怎么判断载体序列是否完整啊？
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yueban-1147[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

1、载体的完整性就是你直接去处载体序列，2端都会有的
2、中间那个地方的得改变你看一下测序质量，如果好就只那样
3、2端的有可能实测序的问题
最好在测序验证
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ROSE李[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问snp位点找到了，但是在哪儿可以查到内切酶，怎么查
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dog002[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我把质粒给公司重新测了一下 结果还是和之前一样 看来只能重新做了。。。唉
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huifeng0516[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问snp位点找到了，但是在哪儿可以查到内切酶，怎么查

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好久没做了一起那是用的dnastar上的酶切
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wmp1234[使用道具]
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发表于 2014-7-29 16:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

各位大侠：问一下 测序可以测出550-600bp 没问题吧，两端多少bp测不出啊，如果我想看的点在末端54bp，可以测出来吗，
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baidukk[使用道具]
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发表于 2014-7-29 17:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

前面100后面50基本上是低质量区
做基因组还勉强可以用，找snp肯定不行
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