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标题:【求助】基因组纯化

喜乐lele[使用道具]
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发表于 2014-8-30 15:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】基因组纯化

不知道什么原因，我作为生物实验有一段时间了，可是每次提基因组总是提不好，纯度和浓度都很差，反倒是我的同学开始的比我晚，现在提的基因组特别好，我们用的都是欧米茄的土壤提取试剂盒。所以，我想是不是可以把提取的基因组纯化一下，用纯化之后的DNA做模板进行pcr，然后二次纯化，之后做连接。这样可以吗？
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dodoit[使用道具]
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发表于 2014-8-30 15:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

理论上说是可行的，但是你要很多量的基因组才够纯化的，可以用沉淀法纯化
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发表于 2014-8-30 15:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

建议用手提DNA方法试试，至于有的同学比你提的好，我想你应该在细节上多注意。
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XYZQ[使用道具]
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发表于 2014-8-30 15:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

纯化后做链接，是可行的，提取的时候在操作上注意一些细节
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发表于 2014-8-30 15:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 dodoit 于 2014-8-30 15:34 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

理论上说是可行的，但是你要很多量的基因组才够纯化的，可以用沉淀法纯化

我基因组的纯化用的是试剂盒，首先用16S通用引物扩增，之后纯化，这样纯化之后的基因组是不是就不能作为模版使用了？
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发表于 2014-8-30 15:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 XYZQ 于 2014-8-30 15:35 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

纯化后做链接，是可行的，提取的时候在操作上注意一些细节


恩，因为结果一直不好，所以我很注意细节了，因为都是按照试剂盒的说明来操作的，所以说我也不清楚还需要注意哪些方面！你们提基因组也是用试剂盒吗？我考虑是不是我第一步涡旋振荡的时间不合适
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发表于 2014-8-30 15:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 idea2011 于 2014-8-30 15:34 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

建议用手提DNA方法试试，至于有的同学比你提的好，我想你应该在细节上多注意。


恩，因为之前老师说手提不如试剂盒提的好，所以我们就一直用的试剂盒。我试试手提
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dodoit[使用道具]
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发表于 2014-8-30 15:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

还是要看做什么，如果是环境微生物，试剂盒看似不错，其实对革兰氏阳性菌和部分真菌的破壁效果普遍不理想，而手提法就有优势；如果是动物组织，手提（STE法）则普遍适用，效果甚至好过部分试剂盒;如果是植物组织，建议用CTAB法，效果不错，比较稳定。总之，不要一味迷信试剂盒，要通过实际的比较和验证得出结论！以上结论正是我和同学们通过实践证实的，希望对你有用。另外，手提DNA时，取样一定不能过多，适量（甚至少些）即可，多了杂质增加，提取效果也不会好；在操作时，一定要规范，细心！
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喜乐lele[使用道具]
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发表于 2014-8-30 15:38 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 XYZQ 于 2014-8-30 15:35 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

纯化后做链接，是可行的，提取的时候在操作上注意一些细节


我从土壤中用欧米茄试剂盒提取的目的基因，因为要送出去测高通量，所以需要对基因组进行纯化。用欧米茄的胶回收试剂盒，纯化的步骤是：先用27f/1500r对目的基因扩增，之后跑电泳，1600bp有单一条带。在紫外线将目的基因条带切下来。用纯化试剂盒纯化，昨天问老师，这样的纯化方式可不可以，老师说让我看看胶回收试剂盒的说明书，上面如果是通用的，就可行。可是，我认为切胶的过程中，是不是已经只保留了1600bp这个大小的基因组呢？求大侠指教！
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