小中大【求助】应用引物在序列中引入蛋白标签
打算应用引物在序列中引入蛋白标签flag,查到了大家的说法如下:
1. 酶切位点+5‘+ATG+FLAG+目的基因的CDS(目的基因的ATG可留可不留)+3’;只在上游引物的N端添加即可。
2. 我用的这个ATGGATTACAAGGATGACGACGATAAG
还没有分析蛋白结构所以我把上下游引物均进行了改造,我把我改造的放出来请大家帮我看看 ,我有没有理解正确:(引物中与目的基因匹配的用XXX替代)
A基因(上下游引物均起始与停止在起始子和终止子,也就是说直接在ORF两边加上了酶切位点,没有任何多余的碱基)
上游引物F :CCC(保护碱基) AAGCTT(酶切位点) ATG(目的基因的起始密码子)XXX
修改后变成:上游引物F :CCC(保护碱基) AAGCTT(酶切位点) ATG(用于起始标签)GATTACAAGGATGACGACGATAAG(标签序列) ATG(目的基因的起始密码子) XXX
下游引物:GC(保护碱基) GTCGAC(酶切位点) TCA(目的基因的终止密码子的反向互补)XXX
修改后变成: 下游引物:GC(保护碱基) GTCGAC(酶切位点)CTTATCGTCGTCATCCTTGTAATC(flag标签序列反向互补)CAT(起始密码子反向互补用于起始FLAG标签)TCA(目的基因的终止密码子的反向互补) XXX
B基因:(为了设计合适的引物在ORF前后均有一些多余的碱基)
上游引物F :CCC(保护碱基) AAGCTT(酶切位点)XXX(此处起始碱基到目的基因的ATG碱基数为3的倍数)
修改后变成:上游引物F :CCC(保护碱基) AAGCTT(酶切位点) ATG(用于起始标签)GATTACAAGGATGACGACGATAAG(标签序列)XXX(此处起始碱基到目的基因的ATG碱基数为3的倍数)
下游引物: GC(保护碱基) GTCGAC(酶切位点)XXX(此处终止碱基到终止子碱基数为19个)
修改后变成:下游引物: GC(保护碱基) GTCGAC(酶切位点)CTTATCGTCGTCATCCTTGTAATC(flag标签序列反向互补)CAT(起始密码子反向互补用于起始FLAG标签)GA(此两个碱基为随机加上的这样保证碱基数为21个)XXX(此处终止碱基到终止子碱基数为19个)
我已经尽力写清楚了,这两个基因囊括了在引物中引入标签序列的两大种情况,请大家费力帮我看一看,我有没有弄错,网上很多帖子说的都很不清楚,希望通过我的例子能让我也让大家弄清楚,谢谢