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标题:【求助】应用引物在序列中引入蛋白标签

松子儿[使用道具]
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【求助】应用引物在序列中引入蛋白标签

打算应用引物在序列中引入蛋白标签flag,查到了大家的说法如下:
1. 酶切位点+5‘+ATG+FLAG+目的基因的CDS(目的基因的ATG可留可不留)+3’;只在上游引物的N端添加即可。
2. 我用的这个ATGGATTACAAGGATGACGACGATAAG

还没有分析蛋白结构所以我把上下游引物均进行了改造,我把我改造的放出来请大家帮我看看 ,我有没有理解正确:(引物中与目的基因匹配的用XXX替代)

A基因(上下游引物均起始与停止在起始子和终止子,也就是说直接在ORF两边加上了酶切位点,没有任何多余的碱基)
        上游引物F :CCC(保护碱基) AAGCTT(酶切位点) ATG(目的基因的起始密码子)XXX

       修改后变成:上游引物F :CCC(保护碱基) AAGCTT(酶切位点) ATG(用于起始标签)GATTACAAGGATGACGACGATAAG(标签序列) ATG(目的基因的起始密码子) XXX

        下游引物:GC(保护碱基) GTCGAC(酶切位点) TCA(目的基因的终止密码子的反向互补)XXX

       修改后变成:  下游引物:GC(保护碱基) GTCGAC(酶切位点)CTTATCGTCGTCATCCTTGTAATC(flag标签序列反向互补)CAT(起始密码子反向互补用于起始FLAG标签)TCA(目的基因的终止密码子的反向互补) XXX

B基因:(为了设计合适的引物在ORF前后均有一些多余的碱基)
          上游引物F :CCC(保护碱基) AAGCTT(酶切位点)XXX(此处起始碱基到目的基因的ATG碱基数为3的倍数)

          修改后变成:上游引物F :CCC(保护碱基) AAGCTT(酶切位点) ATG(用于起始标签)GATTACAAGGATGACGACGATAAG(标签序列)XXX(此处起始碱基到目的基因的ATG碱基数为3的倍数)

         下游引物: GC(保护碱基) GTCGAC(酶切位点)XXX(此处终止碱基到终止子碱基数为19个)

         修改后变成:下游引物: GC(保护碱基) GTCGAC(酶切位点)CTTATCGTCGTCATCCTTGTAATC(flag标签序列反向互补)CAT(起始密码子反向互补用于起始FLAG标签)GA(此两个碱基为随机加上的这样保证碱基数为21个)XXX(此处终止碱基到终止子碱基数为19个)


我已经尽力写清楚了,这两个基因囊括了在引物中引入标签序列的两大种情况,请大家费力帮我看一看,我有没有弄错,网上很多帖子说的都很不清楚,希望通过我的例子能让我也让大家弄清楚,谢谢
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whitesheep[使用道具]
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好的,真的谢谢你,再请问一下,我打算把通过引物把标签加在蛋白上,怎么判断,或者是用什么蛋白分析软件可以判断,蛋白哪一端活性很重要不可以加标签,哪一端可以加标签呢?谢谢,期待
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dragonkilly[使用道具]
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原帖由 whitesheep 于 2014-8-30 16:01 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
好的,真的谢谢你,再请问一下,我打算把通过引物把标签加在蛋白上,怎么判断,或者是用什么蛋白分析软件可以判断,蛋白哪一端活性很重要不可以加标签,哪一端可以加标签呢?谢谢,期待 ...

这个具体加在哪一段,影不影响蛋白功能这个还真不好说,如果是分泌蛋白就不要加在N端
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松子儿[使用道具]
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原帖由 dragonkilly 于 2014-8-30 16:01 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


这个具体加在哪一段,影不影响蛋白功能这个还真不好说,如果是分泌蛋白就不要加在N端

您好,我也问了一下,他们说我的B基因下游引物修改错了,不能在终止子以后21个碱基后再加flag标签序列,这个您怎么看
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dragonkilly[使用道具]
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原帖由 松子儿 于 2014-8-30 16:02 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


您好,我也问了一下,他们说我的B基因下游引物修改错了,不能在终止子以后21个碱基后再加flag标签序列,这个您怎么看

在终止密码子后肯定是不能再加flag标签啦
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松子儿[使用道具]
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原帖由 dragonkilly 于 2014-8-30 16:02 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')


在终止密码子后肯定是不能再加flag标签啦


那就是说 我把基因的ORF最后的终止密码子去掉,然后加上flag的基因序列,最后再加上终止密码子就行了吗?相对的上游引物就是把ORF起始密码子后面加上flag的序列,对不对?
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uaubc[使用道具]
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这样子的话就是对的。
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