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标题:【求助】PCR非特异性条带不稳定出现

jiushikeshui371[使用道具]
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【求助】PCR非特异性条带不稳定出现

我做的是两个物种鉴定,1-15是一个物种,16-30号是一个,最初开始跑pcr时图片还算可以去,但就是一个样空少了条带,如下   :               


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2014-9-24 18:12
QQ截图20131118224224.jpg (5.65 KB)
 
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jiushikeshui371[使用道具]
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然后从新跑了次pcr之后,从左到右1-15号目标条带下面开始出现非特异性带:


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2014-9-24 18:13
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jiushikeshui371[使用道具]
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始以为是偶然现象,然后是重新pcr,条件没变,如下:


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QQ截图20131119104545.jpg (6.17 KB)
 
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jiushikeshui371[使用道具]
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现在的问题是:目标条带下有非特异性条带出现,并且出现不稳定,一会这个孔有非特异带,一会那个有,时而亮时而不亮,时而有时而没有。
我现在已尝试过的解决办法有:
1.更换试剂:DNA从新分装稀释,MIx换新,从新稀释引物,没解决;
2.降低循环数,以前35,现在32,没解决;
3.请师兄操作一遍,没解决;
4.做梯度pcr,问题是提高退火温度,非特异带开始变亮,特异带逐渐变暗到没有(第一次做梯度PCR时,只有特异带,提高退火由亮变暗,很正常),很困惑;
5.加入5%DMSO,情况如旧。
我现在能想到的问题只有:
我最近做的PCR用的ddH2O,没有灭菌,从新稀释的引物也是用没有灭菌的ddH2O,请问有影响吗?
大家对我的问题有什么看法,恳请慷慨地提出宝贵意见,一起讨论!!!万分感谢
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yueban-1147[使用道具]
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后来亮度增大了,减少模板量和引物用量试一下
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feima+[使用道具]
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同学,电泳液换过没?建议更换新的电泳缓冲液试试。如果还没问题,就把非特异条带切下来测下序,然后blast看看来源。
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jiushikeshui371[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 feima+ 于 2014-9-24 18:17 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

同学,电泳液换过没?建议更换新的电泳缓冲液试试。如果还没问题,就把非特异条带切下来测下序,然后blast看看来源。


电泳液换过几次,我用的是丙烯酰胺跑的垂胶,应该不是这个原因。我就是想不通以前为什么能跑的时候怎么就没有非特异带,现在却出现了。切胶回收测序是不可能了,老板肯定不允许。
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idea2011[使用道具]
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请问是引物二聚体吗,我那较小的片段是104bp
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jiushikeshui371[使用道具]
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电泳液换过几次,我用的是丙烯酰胺跑的垂胶,应该不是这个原因。我就是想不通以前为什么能跑的时候怎么就 ...

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哦,那你再计算下分子量,看看是不是变性不彻底引起的,如果是,可以跑下非变性胶或者新配上样buffer。
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jiushikeshui371[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 jiushikeshui371 于 2014-9-24 18:20 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
电泳液换过几次,我用的是丙烯酰胺跑的垂胶,应该不是这个原因。我就是想不通以前为什么能跑的时候怎么就 ...

============================================================================

哦,那你再计算下分子量,看 ...

变性不彻底是可不可以增加预变形时间,我现在是预变形3min,变性30s,因为我的片段较小100多bp
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