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标题:【讨论帖】秀出你收藏的经典天然药化文献吧!

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【讨论帖】秀出你收藏的经典天然药化文献吧!

每天都会上分析测试百科瞅瞅,貌似已经成为一种习惯了,但是最近天然药化版块好像被“微谱求助”占领了(我并不反感“微谱求助”,自己也求助过,但是总觉得求助结果好像仅仅对求助者有参考价值,所以在想版主大人能不能为它辟出一个独立的位置!扯远了!),所以突发奇想,想跟各位同仁交流一下各位收藏的天然药化方面的经典文献!当然,我称之为“经典”的,并非是那些以化合物的新颖度或强大活性为亮点的文献(尽管现在很多搞天然药化的都是这个思路),而是那些能给我们的研究提供启示,或是能够提供新颖的研究思路的好文章!希望各位虫友们(特别是那些广读文献的虫友)能不吝拿出自己“压箱底”的文献,让我们在交流中进步(需要下载权限的文献麻烦大家上传个附件吧)。
        既然是我发起的,那小弟我就先忐忑地发一篇抛砖引玉吧,希望各位虫友能跟上,不要让帖子沉了啊:
作者:Silvia N. López, I. Ayelen Ramallo, Manuel Gonzalez Sierra, Susana A. Zacchino, and Ricardo L. E. Furlan
文题:Chemically engineered extracts as an alternative source of bioactive natural product-like compounds (ACS里面可以直接下载,无需权限)
期刊名,期刊年份,卷(期),起止页码:Proceedings of the National Academy of Sciences, 2007, 104(2): 441-444.
全文URL:cuturl('http://www.pnas.org/content/104/2/441.full.pdf+html')
文献亮点:本文提出了一个核心的思路—“Chemically engineered extracts”(我理解为“提取物的化学改造”)。研究者发现,在药物开发方面,天然产物相对于合成产物具有很多优势,而与此同时,现有药物及利用组合化学获取的分子也具有一些自身特点,如它们的结构中有更多含氮原子、硫原子、卤原子的官能团。于是研究者设想,如果能将这些官能团引入到天然产物中,会不会是对大自然制造天然产物的化学能力的一种补充和强化呢。于是研究者萌生了对某植物提取物中化合物进行“集体改造”的想法,从DNP中统计得知,天然产物中最常见的官能团为羰基,因而被作为引入特殊官能团的切入点,同时,他们选择了可与各种类型羰基发生反应的肼作为对提取物进行“改造”的“武器”,结果使原本不存在抗菌活性的提取物产生了抗菌活性。通过活性追踪的方法,研究者从“改造”后的提取物中分离得到了具有抗菌活性的化合物,并证实了该化合物为原提取物中化合物与肼反应所得产物。
评注:这种思路有点像童话里的王子找灰姑娘的办法—给每个姑娘都试穿水晶鞋,最后总有一个穿着合脚,那个就是灰姑娘。很多天然产物分子或许也是灰姑娘,但是需要穿上“水晶鞋”才能成为“公主”。此外,该文章研究者后面还开展了一些相关研究,并于2011年在“Accounts of Chemical Research”上发表了题为“Chemically Engineered Extracts: Source of Bioactive Compounds”的文章(类似综述)。我个人觉得,对于我们自身而言,或许可以依据自己研究的化合物的结构特点进行一些针对性的“改造”,以发现有价值的分子。
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高等真菌(不知道你说的是不是这类真菌)方面,我知道植物所的刘吉开老师是很权威的,如果有兴趣的话,可以看看他近几年发表的两篇Angewandte:一篇是关于“从云南一种新的毒沟褶菌(Trogia venenata)中发现了毒性成分:新的非蛋白质氨基酸,并证明该菌是30多年来导致云南不明原因猝死的罪魁祸首”,相关内容在Science上面2010,2012年都有报道(见附件);第二篇则“解析了韧革菌素Vibralactone的生物合成途径”,个人觉得两篇都值得一看!
       至于海洋生物方面,真不了解,但每次看npr的目录,里面还是有不少相关内容的,而且NPR每年都有以Marine natural products的综述,概括过去一年海洋天然产物的进展,附件中附上去年发表的涵盖2012年进展的一篇!
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uaubc[使用道具]
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分享一篇Nature上的文章,也是和天然药化专业沾点边的
主要是X-ray“单晶”衍射技术的连用问题,目前大家都知道X-ray单晶衍射面临着一个巨大的瓶颈:需要获得可供衍射的单晶,而实际上许多分子很难结晶。The University of Tokyo和University of Jyvaskyla的研究人员对这一技术进行了“升级”,使用networked porous metal complexes,让目标分子在crystalline sponges中有序排列,然后再通过X射线解析其结构。这一方法省却了麻烦的结晶步骤,而且样品可少至80纳克,将HPLC 与X-ray单晶衍射分析进行连用,更简便快捷,同时也提升了灵敏度。
并运用此技术对一些天然产物的绝对构型进行验证如miyakosyne A
之前看CNS上文章可能是因为专业知识有限的问题,总是感觉太深奥了也并不明白其中的工作难度到底有多大,看完这篇文章才知道Nature文章是怎么弄出来的
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园丁##[使用道具]
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回复 #3 uaubc 的帖子

感谢兄弟贡献的文献,不过这个帖子好像已经过了置顶的时间,所以即使有更新,也不会在天然药化版块置顶了,加上之前很多虫友都看过了,后面看得人就少了!兄弟你上传的这篇文献非常经典,我恰巧之前拜读过一下,大体的内容还是能理解的,不过不知道里面那些技术性的东西实现起来有多大难度,对于仪器设备什么的有多高的要求,有没有大规模普及的可能。说实话,要是能全面普及,即不需要培养单晶就能进行衍射而获取分子的结构,那好多问题岂不是就迎刃而解了,呵!等忙完这阵我再好好研究一下这篇!再次感谢兄弟不辞辛苦上传文献!附件里附上nature对于这篇文章的报道,有兴趣的科友也可以看看!
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目测,未来十年是天然产物生物合成的的黄金时代,纵观一下近三年的JACS和ANGEW,生物合成的Aticle越来越受编辑的喜欢。不得不提的几位巨擘:Hopwood,Walsh,kohasa, Leadlay……详细参见cuturl('http://blog.sciencenet.cn/blog-219854-408518.html')
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现在国外大公司都在投钱做天然产物,我们老板几乎每个月都能转发一个大公司公司招人做天然产物的广告,赛诺菲很给力,砸了很多钱
Nature Medicine的新闻cuturl('http://www.nature.com/nm/journal/v19/n4/full/nm0413-390.html')
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koook5695[使用道具]
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传统的手性确定思路都是通过光谱,这篇文献则利用色谱进行绝对构型的确定。虽然目前技术还不够成熟,但是的确是一种比较好的思路,期望大家能从中学到一些有用的东西
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u76mp[使用道具]
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关于生物合成再说两句,现在的热点貌似已经从生物合成逐渐转移到合成生物学,生物合成是发现天然产物的生物合成途径和机理,而合成生物学是基于生物合成原理,创造新的化合物。
微生物类天然产物的主要发展方向:基因组为导向的新型天然产物的发现(先有基因后有化合物,有别于活性为导向的分离纯化方法,但是毋庸置疑的是活性导向也很重要),新型酶反应机理的发现和验证,还有就是用合成生物学的方法产生有用的化合物包括中间体等等,其实更重要的是用人工设计特定的生物合成途径,然后微生物发酵的方法来生产一些有机合成出来的药物或者植物产生的药物(包括工业中间体等等),实现绿色生产,当然这些需要巨大的努力,当然有着很好的前景。
非常好的帖子!
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我也来推荐三篇技术流的文章。
韩国学者Dong-Chan Oh,目前供职于首尔大学药学院,曾在William Fenical, Jon Clardy等牛人门下做博士,博后。在美国发了不少CNS文章,回韩国后灌水JNP,OL。此人是我老板在美国学习时的邻居,据说对天然产物结构解析到痴迷地步。看他的文章,有种四两拨千斤的感觉,下面三篇是他对结构解析如何化繁为简的技术探索:长链烯烃双键的定位;C13同位素标记在C-C COSY中的运用; 阿尔法位羟基酸手性鉴定的简易方法。
1>< SimpleDeterminationofDouble-BondPositionsinLong-Chain>

2><Applicationof>

3><Faciledeterminationoftheabsoluteconfigurationsofhydroxyacidsbychiral>
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wood533[使用道具]
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我推荐三篇比较有趣的文章。
DART-MS技术,把样品不经过处理直接做质谱分析。目前已经用到农产品检验,假币鉴定,甚至刑事侦察,反恐技术上。这个技术也用到了天然产物领域,虽然检测的化合物特征性比较简单明显,说明它还是不完善。不过把菌丝体,植物组织直接做质谱分析,让人耳目一新;
同步辐射圆二色谱,号称“贵族”圆二色谱,能够把光谱探测延伸到深紫区140nm,能分析高能深紫区的电子跃迁,但需要同步辐射中心的技术支持,日本学者依托广岛同步辐射中心,用此技术测天然产物绝对构型,让人印象深刻。不过上海同步辐射中心的建立,让我们也有三代最强的光源,期待着我们中国天然产物的同行也能用此高大上的技术。

有一篇传不上来,网址为:
cuturl('http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1') ... p;searchHistoryKey=
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