小中大我觉得你做免疫共沉淀可能不会有结果。理由如下：
1.你转染得到的蛋白和寄生虫自然分泌的是不一样的。因为这个蛋白是寄生虫的外分泌蛋白，所以它有必然有一段定位到内质网上合成的信号序列（信号肽），需要在寄生虫细胞的内质网和高尔基体上进行糖基化修饰，完成折叠后，由高尔基体形成分泌小泡，释放到线虫细胞外。由于寄生虫的内质网输入信号序列不能被寄主的肌肉细胞所识别，所以你转染肌肉细胞得到的蛋白，实际上是在肌肉细胞的细胞质中合成的，比寄生虫自然分泌的多一段信号肽，并且缺乏必须的糖基化修饰。
2.因为缺乏必须的糖基化修饰，你人工表达的这个蛋白将不能正常折叠，并且因为缺乏有关糖链，它不能被其它相互作用的蛋白所识别，导致不能发挥它应有的生物学功能。
3.因为这个蛋白是一个定位于肌肉细胞核的蛋白，它还应该有一个核定位信号序列，通常核定位信号都是线性表位的，也就是说存在于蛋白质的一级线性序列中，但也有的是空间表位的（信号斑），你这个蛋白的核定位信号很可能就是空间表位的，因为你人工表达的蛋白不能正常折叠，所以没有形成核定位的信号斑，不能被定位到细胞核中。
我建议你这样开展实验：
1.在寄生虫中过表达或沉默这个基因，看看它对寄生虫和肌肉细胞有什么影响。
2.如果上述实验做不到，是否考虑培养寄生虫的分泌这种蛋白的细胞，然后进行敲入实验，导致过表达，来观察它对肌肉细胞的影响。
3.以前做过的工作可以通过对自然分泌蛋白和人工表达蛋白的测序比较来研究信号肽，这应该也能写篇像样的文章。
4.研究此类蛋白质功能时，一定要考虑表观遗传修饰的影响。
