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标题:【求助】请大家帮忙分析下SNP酶切结果

junjie05[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】请大家帮忙分析下SNP酶切结果

请大家帮忙分析一下我的结果，我做SNP分析，pcr扩增后，酶切，结果如下图：（该SNP为G>T，当为T时才能被切开，在数据库中，到目前为止，中国汉族人群只发现了GT型和TT型，暂无GG型的发现）
  Marker从下到上为：25、50、75、100、200、300、400


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2014-10-27 16:09
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junjie05[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这是我12月28号做的，Marker旁为PCR产物，往右依次为酶切一小时的1、4、5号样本，最后为酶切一个半小时的1、4、5号样本，从图中可以看出，1号样本SNP位点均被切开，为纯合子TT，4号样本切开一半，为杂合子TG，问题一：5号样本为何出现三条带，第三条带是什么？
在第二天（12月29号），更奇怪的现象出现了，见下图：


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junjie05[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:09 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我在28号做的第1和第4号样本居然也出现了三条带，酶切时间不变，只是在1‘、4’、5‘我把酶改为了10u，第二个问题请问为何在28号我做的1和4号样本，在29号做时却得到了不一样的结果？申明，这均是同一个PCR产物的酶切结果！
在12月30号，我又把其它样品做了酶切，结果大吃一惊，所有样品均得到了三条带，真是匪夷所思啊，见下图：
  
求救，求助，请大家帮我分析一下原因吧！感激不尽


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2014-10-27 16:09
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huifeng0516[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:10 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我不懂SNP，但是你这个大小的位置有可能和引物二聚体重合。
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eric930[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

PCR产物片段多长？酶切产物片段应该多长？
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dragonkilly[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
怎么感觉跟marker污染一样，都有一条带亮亮的..

其实我也不懂，至今酶切都切不开 ...刚有点苗头，又P不出来了！！我那个叫想哭啊..
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ssonglikihi[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

是不是酶量大或切得时间太长……记得老师说酶切得久了会降低特异性，就是乱切。
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mingming0638[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

酶切的泳道加样比对照多很多,你的样品中有一非特异性条带,请仔细观察第一幅图的对照
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youreyes[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

PCR产物被污染或者降解了？
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dragonkilly[使用道具]
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发表于 2014-10-27 16:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

这个帖子好久了刚看到，问题应该早解决了，是不是问题本身就不对
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