生物制药 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】GC-MS 代谢组学数据预处理问题

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

标题:【求助】GC-MS 代谢组学数据预处理问题

qiangren789[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 73754
精华 0
积分 333
帖子 365
信誉分 100
可用分 2651
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-27
状态 离线
1
 

【求助】GC-MS 代谢组学数据预处理问题

刚开始接触GC-MS,小白一个。现在在做代谢组学的分析。请问代谢组学数据预处理的步骤是什么,峰对齐需要什么软件,如何操作,本人不太明白这方面,希望帮忙解答的详细一些,谢谢
顶部
fangxiang[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 71737
精华 0
积分 380
帖子 479
信誉分 100
可用分 3151
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-8-30
状态 离线
2
 
一般来说,现在的仪器都配有相应的分析软件,如waters的Masslynx,热电的xcalibur等,这些软件好像都已经内置分析代谢组学的软件,你只需要对参数(如阈值)进行设定就可以直接进行代谢组学的数据分析,如PCA,PLS-DA等。代谢组学通用的软件也有,叫simca-p,Masslynx中的Markerlynx其实就是部分内置了这个软件。
顶部
qiangren789[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 73754
精华 0
积分 333
帖子 365
信誉分 100
可用分 2651
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-27
状态 离线
3
 


QUOTE:
原帖由 fangxiang 于 2014-12-2 16:37 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
一般来说,现在的仪器都配有相应的分析软件,如waters的Masslynx,热电的xcalibur等,这些软件好像都已经内置分析代谢组学的软件,你只需要对参数(如阈值)进行设定就可以直接进行代谢组学的数据分析,如PCA,PLS-DA等。代谢组学通用 ...

谢谢你的回复,不过我们实验室的仪器比较老,没有自带的那个软件。现在在进行峰对齐的操作。不知道需要什么软件,有没有免费的软件,操作起来也最好别太复杂的
顶部
ladyhuahua[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76658
精华 0
积分 984
帖子 1667
信誉分 100
可用分 9116
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-8
状态 离线
4
 
数据预处理就是对原始数据进行提取,对齐,归一化分析,通过原始基峰离子(BPI)色谱图,初步观察仪器的保留时间重现性,所测得的物质数量,以及不同组之间的色谱图是否具有较明显的差异。
我们用的仪器是Leco,有自带的软件,你用的是Agilent的吗?可以考虑用METALIGH或者XCMS做。
顶部
seagate[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 114508
精华 0
积分 601
帖子 922
信誉分 100
可用分 5343
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-9-25
状态 离线
5
 
你好,你的问题解决了吗?我也是刚用气质做代谢组学分析,希望多多交流
顶部
junhun[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 77185
精华 0
积分 561
帖子 781
信誉分 100
可用分 4746
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-14
状态 离线
6
 
亲,现在数据预处理做得怎样了?最近也准备做,请教下~
顶部
wiwi[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 72948
精华 0
积分 466
帖子 612
信誉分 100
可用分 3861
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-9-16
状态 离线
7
 
请问如何对数据进行归一化呀?
顶部
any333[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 76446
精华 1
积分 1533
帖子 2542
信誉分 102
可用分 13711
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-5
状态 离线
8
 
我们用AMDIS
顶部