小中大我的做法是,用建立一个大的单胞,P1空间群,每个原子的坐标位置自己用excel等表格工具算出来。(这个方法其实JEMS的web help文档里头有提到,以及它支持的文件说明都有,自己耐心找找吧)有些小麻烦,不过可以大概看看拿来用。这个方法简单,但是要研究界面的话就没有太大作用了,因为所有原子的位置都是你自己手动输入的,界面模型也是你假定的。
要精确一些的,可以找Molecular Dynamic (MD)的合作者,帮你建大的单胞,然后弛豫结构。要是复杂一些的结构,MD没有现成经验参数的,某些参数可能还需要DFT之类的ab initio方法先算出来。