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标题:【求助】测序结果有双峰是什么原因？怎么办？

popo520[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】测序结果有双峰是什么原因？怎么办？

我的16S送出去测序，测序结果显示在P1引物方向引物测序在180bp之后都存在双峰，是什么原因呢，师姐说16S很好测的，不用克隆都可以测出来，现在我叫测序公司给我拼接，结果测序公司说不能完成拼接，很郁闷啊，该怎么办呢，真要克隆吗？
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niangao1980[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

不需要的。。。重新送样呗
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王小主[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你送去的是PCR产物吗？出现双峰说明你的产物需要纯化一下，最好做一下克隆，这样测到的序列才会准确。
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89tongzijun[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

测序出现叠峰是你的16S片段扩的时候特异性不好。我们做16S测序都是跑电泳切胶纯化后测序的，照样也会出现叠峰的情况啊。如果测序时候是送的PCR产物，测序公司测序之前会自己纯化的，所以应该和纯化没多大的关系。克隆测序确实确实测得准确，测得好，不过代价太高了。可以再重新扩扩，再送样去测序。
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popo520[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 89tongzijun 于 2015-2-16 10:30 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

测序出现叠峰是你的16S片段扩的时候特异性不好。我们做16S测序都是跑电泳切胶纯化后测序的，照样也会出现叠峰的情况啊。如果测序时候是送的PCR产物，测序公司测序之前会自己纯化的，所以应该和纯化没多大的关系。克隆测序 ...

我送了两次样，每次扩出来条带都很亮，很单一，可是就是会有双峰出现。不能拼接，现在很纠结了
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89tongzijun[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 popo520 于 2015-2-16 10:31 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我送了两次样，每次扩出来条带都很亮，很单一，可是就是会有双峰出现。不能拼接，现在很纠结了

恩，那有可能你的菌种纯度不高，有杂菌在里面。其实测序跟仪器也有关系的，我们实验这边又时候一次没测好的，送测第二次的时候就又会测好了。
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popo520[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 89tongzijun 于 2015-2-16 10:31 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

恩，那有可能你的菌种纯度不高，有杂菌在里面。其实测序跟仪器也有关系的，我们实验这边又时候一次没测好的，送测第二次的时候就又会测好了。

我调的是单菌落，平板上的菌落也很单一，之前镜检过，还是没有杂菌的，那克隆的话会不会就可以避免这些问题了呢？
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89tongzijun[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 popo520 于 2015-2-16 10:31 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我调的是单菌落，平板上的菌落也很单一，之前镜检过，还是没有杂菌的，那克隆的话会不会就可以避免这些问题了呢？

是的，PCR产物弱，测序测不好的情况，做克隆测序可以解决的。
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鲇鱼少爷[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
不纯呗，也有可能里面混有其他的东西，重新做纯化好，再送吧。。。
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ukonptp[使用道具]
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发表于 2015-2-16 10:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

LZ这个问题后来怎么解决的呢，我现在也出现同样的问题，一模一样
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