蛋白质与蛋白组学

请教各位老师：

在二级质谱氨基酸序列分析时有什么好的方法能处理修饰，还有哪些氨基酸容易带上钾离子或者钠离子等等注意的问题。怎么分析谱图才能得到可信的分析图谱。谢谢

关于蛋白翻译后修饰（PTM），首先要明白你是否知道为某种修饰如果不知道，就应该通过相关软件或实验搞明白修饰类型，一般是通过看实验的PMF和理论的PMF有何区别，找到不同的peak，通过质量数差异预测修饰类型，或者根据文献报道信息可能为某种修饰，通过PMF+MS/MS数据搜索数据库时需找修饰类型，如果确定了修饰类型就好办了，确定位点就容易多了。对于已知蛋白修饰位点的确定，首先通过PMF+MS/MS确定数据修饰位点在那个片段上，然后通过手工MS/MS的方法，优化参数找到含有修饰位点的二级碎片就可以了。以上的方法是针对比较简单的修饰，如甲基化、乙酰化、氧化、磺酰化等等，如果对于复杂的修饰，如糖基化和磷酸化，最好通过富集的方法，将糖基化的片段或磷酸化的片段富集，然后通过MS/MS分析才行，具体的富集方法，文献报道很多，请仔细查找，定能找到。（个人看法，仅供参考）

谢谢老师的指导，我的困惑是在未知多肽的氨基酸序列的分析，该有那些注意的问题，因为这个时候我不知道有没有修饰，也不知道有没有氨基酸带上了钠钾离子的，每次遇到这样的样品我就无从下手，不知道该怎么分析。

用质谱做氨基酸序列分析,首先要得到比较好的MS/MS图谱才行，然后再用质谱软件帮你去找相应的Y或者B系列的离子，由此推断出部分的
氨基酸序列以及序列修饰位点，当然要得到全部的序列是很难的，尤其对数据库未知的新的蛋白质或者多肽，因为氨基酸化学性能不一样，所以做CID的时候断裂的几率也不一样，这样很难得到全部的系列离子。

一般在做质谱分析的时候会除盐，所以溶剂里面没有钾钠离子了，所以你的样品也不会带上钾钠离子的

谢谢老师的不吝指导，这个问题我一直没有搞清楚，今天才算有点明白了，我曾经做过一个样品是未知多肽，氨基酸序列分析我没有做出来，军科院的老师作出来的结果我看了一下，他们鉴定出序列，但是他们指出Pro上带有钠离子，我前去请教，有老师告诉我有些氨基酸就是容易带上离子，所以我就非常困惑，不知道在分析时都应该注意那些问题，应该遵循什么方法，请老师们再次给予知道，万分感谢！

讨论挺热烈的，学习了。

刚哥ffffff凤飞飞

以后就到这里来请教各位了

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