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标题:【求助】怎么根据蛋白序列设计荧光引物？

zhezhe[使用道具]
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发表于 2015-3-16 15:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】怎么根据蛋白序列设计荧光引物？


大家好，我有一些蛋白序列，想在我所研究的棉花中用荧光定量验证期基因表达差异，请问该怎么做？怎么设计引物？荧光定量应该用探针法还是染料法？
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tewank[使用道具]
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发表于 2015-3-16 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

探针法
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发表于 2015-3-16 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

Qpcr 设计探针引物
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发表于 2015-3-16 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你可以在NCBI上比对下，你现有的蛋白是什么基因的产物，这样就可以找到同源序列，在同源序列中很保守的位置设计引物和探针；或者你可以转换下思路，基因最终的产物是蛋白质，你还不如直接用WB检查蛋白质的表达。
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发表于 2015-3-16 15:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 tewank 于 2015-3-16 15:58 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

探针法

为什么这个不能用荧光染料法呢？谢谢！
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zhezhe[使用道具]
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发表于 2015-3-16 16:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 www.1 于 2015-3-16 15:58 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

Qpcr 设计探针引物

这个为什么不能用染料法呢？谢谢！
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发表于 2015-3-16 16:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 NBA 于 2015-3-16 15:58 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

你可以在NCBI上比对下，你现有的蛋白是什么基因的产物，这样就可以找到同源序列，在同源序列中很保守的位置设计引物和探针；或者你可以转换下思路，基因最终的产物是蛋白质，你还不如直接用WB检查蛋白质的表达。
...

这个为什么不能用染料法呢？谢谢！还有你说的看是什么基因的产物找同源序列，那么是说的是mRNA序列吗？为什么不能根据该mRNA序列直接设计引物啊？谢谢！
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TAT[使用道具]
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发表于 2015-3-16 16:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 zhezhe 于 2015-3-16 15:59 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

为什么这个不能用荧光染料法呢？谢谢！

可以啊 但无论怎样都要设计primer
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TAT[使用道具]
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发表于 2015-3-16 16:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 zhezhe 于 2015-3-16 16:00 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

这个为什么不能用染料法呢？谢谢！还有你说的看是什么基因的产物找同源序列，那么是说的是mRNA序列吗？为什么不能根据该mRNA序列直接设计引物啊？谢谢！ ...

你不是说你只知道蛋白的序列吗？要是只有蛋白的序列，不知道基因（mRNA）序列，怎么设计引物啊！可以用染料法的，探针法数据比较准确。
回复 支持 反对
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greenbee[使用道具]
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发表于 2015-3-16 16:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 TAT 于 2015-3-16 16:01 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

你不是说你只知道蛋白的序列吗？要是只有蛋白的序列，不知道基因（mRNA）序列，怎么设计引物啊！可以用染料法的，探针法数据比较准确。
回复 支持 反对 ...

有蛋白序列，在NCBI上可以找到其对应的mRNA，但是在我所研究的物种中没有该基因被克隆，所以我想在我的植物中验证该基因的表达。这种情况该怎么设计引物？
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