小中大呵呵谈点粗浅的看法：
1）如何在基因组测序没有完成的情况下利用质谱进行蛋白质鉴定？
现在最常用和简单的做法是先和已有的公共数据库如NCBInr进行比对，或者和该物种的EST库比对，期望有同源的部分肽段匹配上，但效率不高.
今年刚在science发表的一篇文章可以给我们提供一点新思路：
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Science 13 April 2007:
Vol. 316. no. 5822, pp. 280 - 285
DOI: 10.1126/science.1137614
Protein Sequences from Mastodon and Tyrannosaurus Rex Revealed by Mass Spectrometry
这篇文章用质谱测定了6800万年前霸王龙化石中的胶原蛋白部分序列，方法很巧妙，恐龙基因组当然是没有测序完成的，呵呵，也很科幻：）有兴趣可以看看原文。
2) 如何利用质谱进行有效而简便的肽末端测序（N-end and C-end）？要是能直接进行蛋白质末端测序更好？
有日本人用MALDI-TOF干过这个工作，具体方法好像是先在N-term加个带生物素的标签，然后酶解该蛋白，最后富集N-term的多肽做二级质谱来测定序列，比起Edman降解当然是灵敏快速多了，但还是有很多问题。
3）怎样有效的进行翻译后修饰研究？（磷酸化，糖基化，甲基化，乙酰化，泛素化等等等，太多了，而且不同的PTM其使用的富集方法、分离纯化、衍生及鉴定方法也各不相同）
呵呵，这个问题绝对是难点中的难点，也是蛋白组学发展的方向，一两句说不清楚啊……
4）在定量蛋白质组学中，怎样选用合适的稳定同位素进行标记，其标记效率和重复性怎样控制？
现在有iTRAQ,SILAC,O18,N15等技术，小弟倒是都做过，感觉还是N15的标记效率和重复性比较可靠点点……有兴趣可以单独讨论。
5）除了有效利用常用软件的功能外，怎样有效的消除质谱鉴定的假阳性和假阴性？
假阳性偶都一张一张的看啊，呵呵，假阳性基本有经验了一眼就可以看出来的……效率和准确度绝对比软件高，呵呵，软件是死的，人是活的。
假阴性就要麻烦一点了，因为很多谱图是在数据转化过程中（如中心化）丢掉了，几乎不可能找回来的。现在解决方法就是同一个样品单独跑三次，把三次的结果合并，可以部分解决假阴性问题。
6）怎样充分利用网络资源和相关的生物信息学软件？（要是能根据自己的需要编写软件更好）
现在有很多质谱软件平台。大家都可以去测试和编写，改进软件，比如做蛋白组学定量的非常好一个软件MSQuant就是免费公开的，有Development version ，cuturl('http://msquant.sourceforge.net/')你改我改，大家改，呵呵
众人拾柴火焰高啊……
