气质联用

大家好，我是ms的新手，学应用统计的。现在写一篇关于ms 数据 预处理的论文，通过阅读文献，对ms技术有了初步的了解。现在，关于TOF质谱，我有一个问题想请教：

TOF通常是这样取样的：1 chip * 8 spots *16 positions * 12 shots。 在同一个position下的12次shot，我们可以得到数据，而这些数据是基本一致的。那么我的问题是：为什么要12次，这12次有什么区别，在仪器上，我们可不可以调整position和shot个数的组合？

在说这个之前我们有必要说一说关于数据采集与处理，主要有两个基本的参数，采样频率和数据拟合的位数。前者很好理解，后者主要表示数据的动态范围。
TOF的检测器数据的采集一般有TDC和ADC两种模式，后者现在用的不多，主要都是TDC的模式。这种模式对数据的拟合只有2位，就是说信号要么有，要么没有，有还是没有取决于你所设的阈值。这样就对所有的信息强度进行了归一化了而损失了强度方面的信息。为了对此进行弥补，实际采集的时候，一般都是多张谱图进行叠加，然后通过相关的算法对强度进行拟合，增加检测器的动态范围。
这就涉及到了你说的position与shot的问题，一般检测器都有几个不同的position，但这些不同position接受到的不同的shots在采集的时候都认为是没有差异的，有还是没有，取决于信号的强度是否大于你所设的阈值。

12次不是固定的，是可调的。之所以打多次，是需要将样品的信号强度累加，这样才能看见样品的TIC，因为TOF检测器是非常灵敏的。
至于position是否可调，视不同厂家的仪器而定。当然，shots随意可调，视样品情况而定。

感觉你说的MALDI源的采样方式，spot和position都是可调的。默认各个position的样品是相同的，调整spot和position的目的通常是为了得到更强的信号。不知道在统计学上有什么说法。。。呵呵

先多谢各位！再仔细阅读

看了大家的分析，收获颇丰。但小弟有几个问题，想向大家请教 一下：
1） 一般TOF的线性范围有多宽；
2） 假如设定阈值为零，是不是意味着所有的信号都采集，如果此时的丰度是 100；若阈值大于0，是不是阈值越大，丰度就越小。
3） spot和position如何调，才能使丰度最高。

I think 12 shots from one position are for signal accumulation, each shot has basically the same instrument parameters. The user can always change and optimize the number of positions and shots for every spot.

从问题看，这不是TOF原理问题，也不是TOF数据问题，而是您所使用（或接触）仪器操作上怎样收集TOF谱图的问题。

一般而言，虽然MALDI-TOF-MS是非常灵敏的质谱仪，在多数情况下，一次激光就可获得一张全息质谱图。可在很多情况下，由于信号太弱而使得谱图的质量很低（即，信噪比低，峰形不好），而降低了分子量测定的准确性。

为了解决这一问题，在收集质谱图时，往往采取累加多次激光照射的质谱图的方法（这是相应你的12 shots）。

同时由于MALDI样品在靶点上分布的不均匀性，很多时候在不同的位点会产生不同的质谱图。严重时，在有些位点得不到样品的质谱图，而在另一些位点可得到很强的样品质谱图，这些位点被人们称作'热点'。

为了收集的质谱图据有样品的代表性，最大程度降低样品制备的影响，在收集质谱图是，人们会在不同的样品位点上取得质谱图（这是相应你的 16 positions）。所以一个样品取多少个点，在那里取，每个点上照射几次激光多是以经验而定的。因此，这些数是可以改变，可以优化的。

希望回答了你的问题。

[ 本帖最后由 RongWang 于 2008-12-2 20:09 编辑 ]

多谢大家的细致回复

我们对一个spot的16个位置照射12次，这样我们的到的数据是192列，然后我们通过对每一个TOF t 上取均值，从而得到这个spot的图。

那么，考虑涂样不均的问题，当一条射线照射到了一个所含样品很少的position，而用均值做估计时，这个position对于估计的准确性是否会有很大影响呢？