小中大免疫组化的结果直观，靶分子没有经过提取步骤，因此受不确定因素影响少，做gene的空间定位时数据覆盖度高，但1、偏定性，定量的分析不好做;2、灵敏度不如 rt-pcr，甚至略次于western，因此一些低丰度的表达不容易检测到;3、对抗体的质量倚赖较大，其实IHC和WB的抗体不一定通用，质量要求也不一样：WB的抗体多是针对一级基序表位，而IHC多是针对空间结构表位，针对一级基序表位的抗体检测非变形的抗原时，结合的效率会因表位的空间位阻收到影响甚至无法结合，而针对空间结构表位的抗体检测变性抗原(SDS-page)时，会因为空间结构的消失而无法结合;另外在质量的要求上，WB的抗体是可以容忍少许甚至较多杂带的，因为你在意的只是胶分离后目的蛋白的位置，而IHC的抗体对特异性要求是非常高的，因为IHC的结果是看不出主带和杂带的，因此必须保证极高的特异性，否则容易造成假阳性——这也是IHC的缺陷之一，你无法从结果上直接判断结果的特异性，因为它没有像WB和RT那样有电泳分离，这一点有点像realtime-PCR，但realtime-PCR毕竟还是可以通过实验后电泳和溶解曲线分析来排除非特异。
RT-PCR和WB 的结果，可以做定量分析，对引物和抗体质量要求不会太高，灵敏度也高，尤其是RT-PCR。但是1、样品要经过提取和制备过程，对定量实验来讲，加入了不确定的影响因素，如信号的丢失，不同组织提取效率的差别，虽然大部分实验有内参，但做过的人都知道内参多是中高表达的基因，因此对组间体系差异不会太敏感，这一点在检测低丰度基因的半定量实验中是致命的，说得直观点就是，假设组间上样量差了一半，内参信号比∞：∞/2(看不出来)，而目的基因的信号比是 100：50(直观2：1)，这就造成了错误的结果;2、数据的覆盖不如原位，你不可能每个组织都取到，而且gene在单个器官/组织是否有亚定位，如果你分得不够细，RT/WB是看不出来的，毕竟IHC可以将gene的表达定位到组织上不同细胞这一水平，这一点也是我们定位实验选择IHC的最大理由。
因此我个人认为完整可靠的定位实验应该同时上IHC和RT-PCR/WB这类半定量实验(realtime更好一点)。
