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一）取材： 由于扫描电镜对样品表面的要求非常严格，清洗时要注意保护观察面不受任何损伤，且保持干净，否则，可导致观察困难或错误判断。做好观察面标记，以免样品制作过程中分不清观察面所在的位置。
取材时要做到“快、冷、准”三要点：
快，就是取材动作要快，一般要求在 2 、 3 分钟之内将组织浸入 2.5% 戊二醛内。
冷，就是取材的器械、固定液要事先放在冰箱内预冷。
准，就是取材部位必须准确，否则容易造成取材失败。
样品大小长宽一般不超过 5cm ，高度不超过 3cm 为宜。此外，实验动物取材部位不宜多，这样会延误取材时间，导致组织自溶等人为假象的发生。
（二）前固定：固定前清洗的组织离体后应在 1 ～ 2 分钟清洗完毕并投入固定液内；固定后清洗的组织离体后应在 1 分钟以内投入固定液。固定液要预冷。
（三）漂洗：用 0.1M 磷酸缓冲液漂洗 3 次，每次 15 分钟。
（四）后固定： 1% 锇酸固定液室温下固定 1 小时左右，夏天稍短，冬天稍长。
（五）脱水：利用不同浓度乙醇梯度脱水，由 50% 、 70% 、 80% 、 90% 、 95% 各 15 分钟，换醋酸异戊酯 15 分钟或叔丁醇 15 分钟。
（六）干燥：可采用零界点干燥法和冷冻干燥法两种。
（七）镀膜：利用真空喷镀仪或离子溅射仪对样品观察表面进行镀膜，一般用金钯作为镀膜材料。
（八）电镜观察：观察者事先要熟悉所要观察样品的结构，做好观察记录，拍摄图象要及时存盘，并做好光盘刻录。
