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标题:【求助】知道基因和位点，如何查SNP的rs号码，...

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发表于 2015-6-2 14:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】知道基因和位点，如何查SNP的rs号码，...


相关疾病：
原发性高血压
老板让查SNP的东西。我有如下SNP的信息，但不知道怎么查SNP的rs号码，没rs号，没序列，没法设计引物，请同志们教我两招啊，插三根鸡毛：
基因：血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因M235T
文章：血管紧张素原H"$’I基因多态性与原发性高血压的相关研究;浙江大学学报；2004年33卷，02期。
引物： P1 CCGTTTGTGCAGGGCCTGGCTCTCT P2 CAGGGTGCTGTCCACACTGGACCCC
基因：G蛋白β3亚单位(GNB3)C825T
文章：G蛋白β3亚单位C825T等位基因多态性与原发性高血压的关系 陈肖俊; 汪大望; 吴建波; 熊术道; 王春香; 临床内科杂志, Journal of Clinical Internal Medicine, 2007年 05期
基因：E-选择素G98T
E-选择素基因G98T多态性对原发性高血压患者血压及心脏结构功能的影响 中国医学影像技术, Chinese Journal of Medical Imaging Technology, 2007年 05期
基因：β2-BKR基因-58T/C和AGT基因M235T
文章：缓激肽β2受体(β2-bradyk in in receptor,β2-BKR)基因β_2-BKR基因和AGT基因多态性与原发性高血压的相关性研究 第三军医大学学报, Acta Academiae Medicinae Militaris Tertiae, 2006年 11期
基因：化生长因子β1(TGF-β1)基因第1外显子+869T/C及+915G/C
文章：转化生长因子β_1基因多态性与原发性高血压关系的研究 中国老年学杂志, Chinese Journal of Gerontology,
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发表于 2015-6-2 14:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
最好是多查些文献，找到位点附件的序列（如测序图谱和TaqMan探针等的序列），然后在到NCBI上作BLAST，这样就可以找到该位点在基因序列中的位置。有的SNP位点可能没有对应的RS号。
还可以根据该位点的信息直接在NCBI上查出基因序列，在根据该位点在基因中的位置，如mRNA（有的是cDNA）为起始位置，往后计算该位点的位置。通常这样找到的位点还是需要与文献报道的位点序列进行笔对。因为，不少SNP位点的命名规律是不同的，也就是说有的是mRNA中的位置，有的是cDNA中的位置，有的还是蛋白编码的位置，所以比较容易出错，最好要与文献进行笔对。
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发表于 2015-6-2 14:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你准备采用什么方法检测
你可以把snp位点周围的序列都拿出来就可以了
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发表于 2015-6-2 14:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我用测序法检测。
我得到引物很容易，但是查到位点，不知道怎么查。
用引物BLAST后，查到序列，但还是得到的是一个序列，而不能得到那个点在什么地方啊？
怎么办。
向2楼说的那个办法我开始就用了，一开始就错了，因为很多基因编号是从启动子等其它位子开始计数，郁闷。
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发表于 2015-6-2 14:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 whitesheep 于 2015-6-2 14:56 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
你准备采用什么方法检测
你可以把snp位点周围的序列都拿出来就可以了

把周围的序列拿出来又怎么能找到我的那个点呢。
例如我可以得到血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因M235T 的引物，得到CDNA全长，得到引物之间的序列。但是我怎么在引物之间的序列中确定我的那个点(就是M235T)呢？
请教了。
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发表于 2015-6-2 14:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你这个只有上dbsnp上去一个个对了，支队外显子里的
还有你可以去omim里找一下你的这几个基因，都应该是和疾病有关的
最好不行就在google里搜看一下外文的又没有列出rs号的
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发表于 2015-6-2 14:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你列举的这几个你感兴趣的位点都已经被研究过了，找到应该是很容易的。譬如M235T中间的235应该是蛋白质序列的第235位发生了突变，都知道这个信息了就很好确定到底是哪个位点就是你的SNP了吧。对了，设计引物的话，应该是用DNA序列，而不是mRNA，当然除非你的标本是RNA而不是DNA。
如果你要得到rs号的话，也很简单，可以在GenBank的dbSNP中搜索。也可以在GenBank基因信息的页面里点击SNP的链接。


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发表于 2015-6-2 15:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

然后，就看到下面的界面：


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发表于 2015-6-2 15:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
上图显示的是编码区的，点选in gene region，refresh，就能看到基因全长内的SNP：


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发表于 2015-6-2 15:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

相关疾病：
原发性高血压
知道基因名称，例如血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因和位点信息，如M235T，及相关的疾病，如原发性高血压，查找RS号码的方法小结：
很多同学估计都遇到过这种情况，就是说知道基因和位点的一些信息，但不知道PCR产物的全长序列和位点的具体位置，当然也没办法设计引物，有些同学采用别人的引物P，效果很不理想。如果有RS号码，当然序列就有了，但因为很多文章中并不会给出RS 号，所以只有自己查。
下面，我就我的经验，小结一下我这方面的经验。
具体步骤如下：
一，通过PUBMED或者CNKI，万方等数据库总归可以查到P这个位点的引物。
二，得到引物进入BLAST（cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/')）， 进行nucleotide blast 。
注意：正反引物都BLAST。
三，比较两引物的BLAST结果，选取结果相同的项目 ，得到PCR产物从第一个碱基到最后一个碱基在基因全长上的位置。例如：313324---313943
四，选取一个正反引物都BLAST到的合适的结果，把PCR产物两头碱基的位点数据输入，点ENTER键，即可得到PCR产物的全长。
（以下仅为举例，不是正确结果）
cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?val=88952908&db=Nucleotide&from=313324&to=313943&view=gbwithparts')
五，得到PCR产物全长后，进行SNP 的BLST。
进入cuturl('http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/')
选Specialized BLAST中的Search for SNPs (snp) 。
得到N个PCR序列中的SNP位点。
六，根据文献信息(1,PCR产物酶切后各段长度信息。2，所用酶的酶切序列信息。)确定SNP 位点在PCR产物上的位置，并与SNP BLAST出来的结果比对，确定SNP，得到RS号码。
以上方法，经本人验证，屡使不爽，欢迎指教完善。Big SmileWinkMy heart


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