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标题:【求助】实时荧光定量PCR数据统计

PCR[使用道具]
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发表于 2015-6-3 09:15 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】实时荧光定量PCR数据统计

刚做完PCR不知道怎么统计数据,检测一个因子在脾脏中的表达,假设测得的数据是:
1号 正常老鼠脾脏内参 15.5 16 因子18 18.5
2号 正常老鼠脾脏内参 16.5 17 因子 18.5 18
3号 正常老鼠脾脏内参 16 16 因子18 18
1号 有病老鼠脾 内参 16 17 因子 17 17.5
2号 有病老鼠脾 内参 18 19 因子 18 18
3号 有病老鼠脾脏内参 18 19 因子 17 17
只 做了一个复孔,我想问一下这样怎么统计阿,万分感谢.
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dog002[使用道具]
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发表于 2015-6-3 09:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

用2的负得而他得儿他T法
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园丁##[使用道具]
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发表于 2015-6-3 09:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
第一步：计算ΔCt
1号：ΔCt1正常=18.25-15.75=2.5
2号：ΔCt2正常=18.25-16.75=1.5
3号：ΔCt3正常=18-16=2
1号：ΔCt1病=17.25-16.5=0.75
2号：ΔCt2病=18-18.5=-0.5
3号：ΔCt3病=17-18.5=-1.5
第二步：计算ΔΔCt，以1号正常样为参照
ΔΔCt2正常=2-（ΔCt2正常-ΔCt1正常）=2
ΔΔCt3正常=2-（ΔCt3正常-ΔCt1正常）=1.4
ΔΔCt1病=2-（ΔCt1病-ΔCt1正常）=3.4
ΔΔCt2病=2-（ΔCt2病-ΔCt1正常）=8
ΔΔCt3病=2-（ΔCt3病-ΔCt1正常）=16
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xue258[使用道具]
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发表于 2015-6-3 09:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

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发表于 2015-6-3 09:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

其实一个复孔没有意义的，一般都做三个复孔，这样得出来的结果才可靠。real time PCR是很灵敏的，稍微一点误差影响结果的。另外如果做相对定量就只要一步ΔCt，如果是绝对定量就要两步ΔCt
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发表于 2015-6-3 09:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 园丁## 于 2015-6-3 09:16 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
第一步：计算ΔCt
1号：ΔCt1正常=18.25-15.75=2.5
2号：ΔCt2正常=18.25-16.75=1.5
3号：ΔCt3正常=18-16=2
1号：ΔCt1病=17.25-16.5=0.75
2号：ΔCt2病=18-18.5=-0.5
3号：ΔCt3病=17-18.5=-1.5
第二步：计算ΔΔCt，以1号正常样为参 ...

设两个复孔也是这样取三个的平均值,如果要用统计方法的话,是把最后的2-ΔCtΔCt 算出来比较异常和正常 有无统计学差异吧
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发表于 2015-6-3 09:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 qianqin1977 于 2015-6-3 09:19 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

其实一个复孔没有意义的，一般都做三个复孔，这样得出来的结果才可靠。real time PCR是很灵敏的，稍微一点误差影响结果的。另外如果做相对定量就只要一步ΔCt，如果是绝对定量就要两步ΔCt ...

相对定量就只要一步ΔCt，如果是绝对定量就要两步ΔCt不是很明白,我做的应该是相对定量
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发表于 2015-6-3 09:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 园丁## 于 2015-6-3 09:16 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
第一步：计算ΔCt
1号：ΔCt1正常=18.25-15.75=2.5
2号：ΔCt2正常=18.25-16.75=1.5
3号：ΔCt3正常=18-16=2
1号：ΔCt1病=17.25-16.5=0.75
2号：ΔCt2病=18-18.5=-0.5
3号：ΔCt3病=17-18.5=-1.5
第二步：计算ΔΔCt，以1号正常样为参 ...

第二步，算出来的是倍数啊，后续怎么统计呢？
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发表于 2015-6-3 09:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 园丁## 于 2015-6-3 09:16 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
第一步：计算ΔCt
1号：ΔCt1正常=18.25-15.75=2.5
2号：ΔCt2正常=18.25-16.75=1.5
3号：ΔCt3正常=18-16=2
1号：ΔCt1病=17.25-16.5=0.75
2号：ΔCt2病=18-18.5=-0.5
3号：ΔCt3病=17-18.5=-1.5
第二步：计算ΔΔCt，以1号正常样为参 ...

第三步是不是直接进行t-test呢？
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milkdog[使用道具]
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发表于 2015-6-3 09:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
……另外如果做相对定量就只要一步ΔCt，如果是绝对定量就要两步ΔCt

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相对定量必须有内参和对照，所以肯定是两步，主要用于基因表达分析；
绝对定量是通过已知拷贝数的标准品，作梯度稀释，制作标准曲线，通过标准曲线来计算未知样品的拷贝数等，主要用于病毒等定量 ；
两种定量方法有相通的地方，也有不同。
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