小中大TUNEL法可以通过原位标记DNA断裂端从而标记凋亡细胞，因此特别适用于组织凋亡研究，是目前研究组织体内细胞凋亡最广泛采 用的手段。同时由于其原理是基于检测早期基因组的断裂，因此可以检测到很早期的细胞凋亡，且能通过标记的多少，进行半定量研究。
TUNEL的缺点是：
1），操作要求高，组织样本需要固定（即使是培养细胞，也需要固定），不恰当的固定方法对实验结果影响很大，导致背景过高或者信号过弱，因此实验结果重复性不好; 有的人花上半年做一个体内的TUNEL是一点都不奇怪的。
2），大部分诱导凋亡的药物也引起DNA损伤，从而产生DNA断裂，易引入假阳性;
3）凋亡晚期细胞基因组大量降解，导致TUNEL标记反而减少，因此此法反应的是早期凋亡比例，不能严格反应凋亡比例，属于半定量研究。
尽管有如此多缺点，但由于其是目前为数不多的能原位标记凋亡细胞的方法，因此用于组织体内凋亡研究仍然是首选。但体外细胞实验研究，很少用此法。
凋亡检测中，TUNEL并不是过时的方法，现在研究凋亡的文献仍然常见。而且相反，还比以前多一点，因为现在体内实验越来越多了，甚至线虫的凋亡研究，都用TUNEL。
凋亡研究中，的确有几种方法过时了，当然是因为有替代方案了，比如DNA ladder，电镜。
至于Annexin V是不能用来和TUNEL一起评论的，前者用于细胞，而且主要是悬浮细胞，后者主要用于组织。虽然有人也做镜下的Annexin V观察，TUNEL的细胞staining，但这都不是主流。
回到lz的原帖，的确如大家所言，做贴壁细胞，不推荐用TUNEL。如果是经典凋亡途径，只是确定比例，用最经典，最常用的subG1法即可，如果是不确定是否是凋亡，用Annexin V，不过贴壁细胞用此法，要注意消化时间。
