蛋白质与蛋白组学

请大家一定帮忙啊!协和考博士题：

蛋白质组学研究中，蛋白质混合物可酶切成多肽后经液质联用分离鉴定，也可用液相色谱柱分离后，每一组分再酶切后用质谱鉴定，分析两种分离鉴定方法在蛋白质组学研究中的各自特点。

我只听说过前面一种。

问题应该是这样：蛋白质组学研究中，蛋白质混合物可酶切成多肽后经液质联用分离鉴定，也可用液相色谱柱分离后，每一组分再酶切后用质谱鉴定，分析两种分离鉴定方法在蛋白质组学研究中的各自特点。协和期末考试题，高手不吝赐教。

我们现在正在做的是用二维电泳的方法纯化蛋白，然后酶解再上质谱，还有就是可以酶解后用液相质谱，凝胶分析好像是对pH有一定的局限性，液相的方法鉴定出的蛋白更多一些。但是如果是酶解之后用液质分析和液相分离后酶解我不是很清楚，但是我们感觉先液相分离后酶解分辨率应该会好一些，如果混合蛋白酶解不同蛋白得到的肽段混合物就更复杂了。具体的你可以找关于仪器的方法学相关的文章看看。因为我也是初入此行，知道的太少了，希望以后能向大家多多学习。

cuturl('http://bbs.bioon.com/index.asp?boardid=101')这个是一个蛋白质组学的论坛，你可以上去问问。

前者是酶解后分离肽段，,这个液质一般是2D-LC/MS, 比如ion exchange+reverse phase，一般称为shotgun identification,后者是先把蛋白质分离，和2D gel一样都是蛋白质的分离。然后再酶解，这个也要用到液质，不过通常只需要用reverse phase LC/MS就可以了，因为肽段没有前者复杂。

基于质谱的蛋白组学有一个中心任务和难点就降低生物样品的复杂程度，先酶解后分离肽段的话，是通过2D-LC方法降低多肽的复杂程度，然后用所谓的“shot gun”来鉴定多肽序列；而先分离蛋白再酶解是先降低蛋白本身的复杂程度，目的相同。在实际运用中前者比较常见，好处的上样可以自动化，也就是on-line的做二维色谱，而且一些溶解性不好的蛋白在酶切成多肽后也就可检测了，具体讲是你可以用高浓度的detergent,比如6M尿素溶解样品，然后用Lys-C之类在6M尿素环境中还有活性的酶去处理样品。用这个方法理论上可以得到更多的蛋白数量。
    第二种方法用得不太多，因为色谱对蛋白的分离效率永远赶不上凝胶电泳，但好处是上样量可以比电泳大很多倍。
   在实际工作中也有两种方法结合用的。