PCR仪

我做的定量实验设计和大家不同，不象大家的实验都有未处理样品，我的实验只是分析某个目的基因在不同材料中的表达情况，这些材料只是品质的不同， 在做定量的过程中同一个槽子里扩增只分为两个部分：一是目的基因对不同材料的扩增，另外是相对应的用内参基因对这些材料的扩增。所以我很想问一下象我这样的设计用那种相对定量分析数据的方法好呢？？？

目前我暂用的方法是2-ΔCT法，即：ΔCT（材料1）=CT（材料1目的基因）-CT（材料1内参基因） 然后每个材料都这样算出一个2-ΔCT的值，然后比较一下各个材料的2-ΔCT的值。不知这样科学不科学？各位好心人请帮帮忙啊！
我也是看了半天，仍然不知道这个问题如何处理！！！谁会呀？就针对这一问题给回答回答呗？

[ 本帖最后由 @木木@ 于 2011-8-12 15:03 编辑 ]

请问这位高手，（1）我可以任意选择一个样品的cdna的模板溶液作为标准品进行梯度稀释吗，必须要回收纯化的质粒才行吗？

（2）我的ABIM7300在相对定量模式下不能自动生成标准曲线，得自己画，只有在绝对定量模式下才能自动生成标准曲线。请问你们的双标准曲线法是在绝对定量模式下做的吗，它跟绝对定量的区别就是不用知道标准品的浓度拷贝数，只需知道它的稀释度即可，而且比绝对定量多了一条内参的标准曲线。 你们的仪器在相对定量模式下可以自动生成标准曲线吗，我们的不可以。

（3）请问如果用2-△△ ct法来进行相对定量，那么ABIM7300在相对定量模式下怎么看到扩增效率啊，我怎么也找不到这个选项啊。想通过标准曲线的斜率来计算扩增效率，但是在相对定量模式下不能自动生成标准曲线，正如（2）问中所说的，我得自己画，还得自己算扩增效率。

请这位大侠不吝赐教，本人感激不尽！！！

一般有四种，后两者较为完善：

2-delta Ct, 2-delta delta Ct, Pfaffl method(2001; Nucleic Acid Research), Vandesompele method

1.不用2个内参吧，都用一个内参就行

2.你的“处理”（即观察因素）是什么？如果是不同时间的表达量的话，最初的时间点就是处理前，其后的时间点就是处理后，处理后的每个时间点再和第一个时间点比较，就得出以后每个时间点相对于最初时间点的量的变化了