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标题:【求助】RT-qPCR关于结果分析中2-ΔΔCt的疑问

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发表于 2015-7-1 21:46 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】RT-qPCR关于结果分析中2-ΔΔCt的疑问


首先介绍一下背景：
我做的是人群，分为暴露人群和对照人群，然后采集其外周血取淋巴细胞测相关基因的表达。
RT-qPCR得到的结果包括Ct，ΔCt。由于暴露人群和对照人群只是大体的分组，并未进行一一配对，所以无法得到ΔΔCt，所以也无法得到2-ΔΔCt。在这种情况下，如何才能进行比较？
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发表于 2015-7-1 21:46 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

不就是个t检验就出来了么？
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发表于 2015-7-1 21:47 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

现在我想怎么求2^-ΔΔCt，或是直接用2-ΔCt比较可以不
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 小中大


QUOTE:
原帖由 PCR 于 2015-7-1 21:47 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

现在我想怎么求2^-ΔΔCt，或是直接用2-ΔCt比较可以不

直接以某一个个体作为参照，其它样本跟这个参照进行比较计算得出2^-ΔΔCt，2^-ΔΔCt是样本与参照的比值，可以比较样本间表达量的差异，2-ΔCt没这个说法，也没有实质意义。
这样做了之后，暴露样本跟对照样本每个个体的表达情况就一目了然了，是不是有显著差异就要用生物统计学的方法检验了
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 小中大

现在的问题是选择哪一个样本作为参照比较合适？ABI给出的结果是内参基因的Ct，样本的Ct，得到ΔCt，这时没有配对的个体，如何得到ΔΔCt，不会随意选择一个样本作为参照吧，如果可以的话，选择ΔCt=0的也可以，那就是ΔCt的数据了
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 小中大

选择一个正常样本作为参照计算，其它样本跟这个正常样本的表达关系就出来了。这样正常样本的表达差异你知道了，它们的动态范围你也能得到，暴露样本的表达差异和动态范围你也能得到。最后将正常样本表达量做平均，暴露样本表达量再做平均，除以正常样本的平均表达，你就可以比较正常样本和暴露样本的表达差异了。
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发表于 2015-7-1 21:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

将正常标本的内参取平均值，正常标本的目的基因A取平均值，各个暴露样本A基因与正常的均值进行比较。
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 小中大

你可以选个表达目的基因的稳定细胞系当对照，然后提RNA，大量逆转录cDNA,　稀释后分装，避免反复冻融
一支的量用一板
不同的板之间都以这个为对照进行比较，这样不同的标本的目的基因才有可比性，然后按照暴露进行分组
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 小中大

不必要纠结于ΔΔCt，你这种情况用ΔCt就行了。
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 小中大
非配对设计 哪来2 -ΔΔct? 用2-Δct 比较
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