PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 【讨论帖】大家来跟贴说说自己内参基因不稳定的情况吧!

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

标题:【讨论帖】大家来跟贴说说自己内参基因不稳定的情况吧!

园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
1
 

【讨论帖】大家来跟贴说说自己内参基因不稳定的情况吧!


看到有些站友问到过内参基因,给大家一些参考:
在人中一些内参基因会受哪些因素影响:
还有一张图是BETA 2M在不同组织及细胞系的表达水平
另外这个链接是今年一篇关于miRNA内参基因的文章,也很有意思,里面认为U6不可靠.
cuturl('http://rnajournal.cshlp.org/content/14/5/844.full.pdf+html')
注明一下,2张图抄袭自一家定量公司的讲座资料
(点击放大会清楚一些)


查看积分策略说明
附件
2015-7-1 22:13
16821902.jpg (68.24 KB)
 
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
2
 

beta 2m在不同组织与细胞系的表达波动
斑竹给俺加分吧:)


查看积分策略说明
附件
2015-7-1 22:14
30333801.jpg (60.65 KB)
 
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
3
 
大家来跟贴说说自己内参基因有没有遇到类似情况吧
有了大家的前车之鉴,后来者可以少走好多弯路啊!
希望注明选择的内参基因,实验处理条件,样品(细胞系或组织),否则没有借鉴价值了
顶部
shanzhapia696[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 108884
精华 1
积分 297
帖子 229
信誉分 102
可用分 1839
专家分 10
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态 离线
4
 

内参有听说过PBGD么?
呵呵
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
5
 


QUOTE:
原帖由 kent 于 2015-7-1 22:14 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

强烈支持!如果有关于植物的内参基因就更好。我是做植物抗盐基因表达的相关研究,常选择的内参有28S,18S,actin-2, tubulin 等。

这就是这个帖存在的意义啦!大家支持啊,虽然几位斑竹为这个帖给俺加分投票(在这里谢了先!),不过大家贡献自己的经验才是正道,助人也是自助
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
6
 


QUOTE:
原帖由 shanzhapia696 于 2015-7-1 22:15 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

内参有听说过PBGD么?
呵呵

有的,据说低表达.卟胆原脱氨基酶( Porphobilino gendeaminase简称PBGD)胆色素原脱氨酶?
提到表达水平,看到一个公司推荐内参基因和靶基因的表达水平尽可能相同。我个人觉得不是非常必要,不过如果做双色(比如fam靶基因,hex内参基因)时,2个基因表达水平尽可能接近还是有必要的,否则高表达的会抑制低表达pcr反应。
做相对定量没特殊情况还是别做双色。自找麻烦
顶部
555444[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 118099
精华 1
积分 359
帖子 413
信誉分 102
可用分 2836
专家分 10
阅读权限 255
注册 2013-12-9
状态 离线
7
 

我做的是一种经济作物,可是NCBI上登录的一些常见的内参基因都没有,只有α-tubulin,还有几个核糖体RNA的序列。觉得也没什么好选择的了。虽然我也知道内参并不一定就是恒定不变,但是也没办法了。
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
8
 


QUOTE:
原帖由 shanzhapia696 于 2015-7-1 22:15 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

内参有听说过PBGD么?
呵呵

正在等待实验结果中,从别人给的资料看到pbgd,直接抓出来共享


查看积分策略说明
附件
2015-7-1 22:16
88720159.snap.jpg (53.43 KB)
 
顶部
any333[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 76446
精华 1
积分 1533
帖子 2542
信誉分 102
可用分 13711
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-5
状态 离线
9
 

其实很多研究者不管三七二十一,就RT-PCR了。
殊不知,他们得到的均一条带,一半以上来自于基因组 和/或 假基因。
其实RNA应该DNase消化干净基因组!再RT-PCR。
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
10
 

cuturl('http://www.chinabaike.com/article/316/327/2007/2007022047279.html')
假基因
与有功能的在顺序的组成上非常相似,却不具正常功能的基因。假基因是相应的正常基因在的不同位置上的复制品,由于突变积累的结果而丧失活性。假基因都是在的基因组中发现的,在中未见报道。
假基因的发现是在真核生物的研究中应用和技术而取得的成果第一个假基因是1977年在研究非洲爪蟾核糖体 5SRNA的基因时发现的。以后又发现编码蛋白质的结构基因也有相应的假基因,如小鼠、兔和人的 或β珠蛋白的假基因等。大部分假基因在染色体上都位于正常基因的附近,但也有位置在不同的染色体上的。假基因和正常基因的结构上的差异包括在不同部位上的程度不等的缺失或插入、在内含子和外显子(见)邻接区中的顺序变化、在 5'端启动区域的缺陷等。这些变化往往使假基因不能转录并形成正常的(mRNA)从而不能表达。
有一类假基因除了一般的特征之外,还有一些其他的特征暗示着它们的形成与mRNA有关:①在假基因中完全缺少在相应的正常基因中存在的内含子顺序;②在假基因的3'末端有一段连贯的脱氧腺嘌呤核苷酸;③有些假基因与相应的正常基因在顺序组成上的相似性只限于相应的mRNA的3'末端之前的部分所有这些特征都酷似具有内含子的正常基因的转录产物经加工后形成的mRNA。据此推测这种假基因的 DNA顺序可能不是来自正常基因的直接复制品,而是以mRNA为中介的正常基因的间接复制品,所以又称为加工基因。例如编码人的 免疫球蛋白的 轻链、β微管蛋白、小鼠的 珠蛋白以及大鼠的 微管蛋白基因的假基因都是加工基因。加工基因可能是在真核生物细胞中的mRNA先经反向转录形成 DNA,再整合到染色体上而形成的。已知致癌的 RNA病毒具备这种机制(见),然而加工基因形成的真正机制仍然是一个正在研究中的课题。  
顶部