PCR仪 » 讨论区 » 经验共享 » 【求助】定量PCR数据处理

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

标题:【求助】定量PCR数据处理

duoduo[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74511
精华 0
积分 705
帖子 1009
信誉分 100
可用分 5926
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-11
状态 离线
1
 

【求助】定量PCR数据处理


用定量PCR进行基因差异表达研究,得到的数据多大才会认为有显著性差异?比如基因表达相差1.5倍,有没有实际意义?
顶部
utt0989[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 78340
精华 1
积分 660
帖子 975
信誉分 102
可用分 5663
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-28
状态 离线
2
 
不是说相差多少倍就可以认为有差别,需要做统计学上的分析,看有没有差别。
顶部
nikonun[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 107972
精华 0
积分 218
帖子 176
信誉分 100
可用分 1636
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-4-27
状态 离线
3
 

各个标本都是指数级,做哪种统计分析?
我觉得楼上说的是句空话!
顶部
greenbee[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79370
精华 0
积分 710
帖子 1119
信誉分 100
可用分 6368
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-10
状态 离线
4
 

Sample number如果不多,用non-parametric统计方法吧。
另外要考虑表现有没有意义,应该再作蛋白质表现吧。
比如说western blot或是ELISA。
顶部
yayya[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 114491
精华 0
积分 392
帖子 483
信誉分 100
可用分 3138
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-9-25
状态 离线
5
 

ABI定量PCR仪器在装机时是保证2倍拷贝差异的检测准确性在99%以上,换句话说,如果要从实时定量结果判断表达差异,应该是相差2.0以上是有意义的。但实际上,由于目前对差异计算中是否介入反应效率以及反应效率如何计算仍没有定论,因此很难说你所得到的表达量差异数值到底多少才有价值。
顶部
qumm1985[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76908
精华 1
积分 475
帖子 546
信誉分 102
可用分 3616
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-10
状态 离线
6
 

本人做realtime多年,我觉得zhuchengliang 说的很对!用realtime PCR得出结果后要用t检验,即使增高10%,只要有统计学意义,就是阳性结果。另外,你还要看这种增高幅度是否具有实际医学或生物学意义。
顶部
zzzz[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74598
精华 1
积分 656
帖子 967
信誉分 102
可用分 5638
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-12
状态 离线
7
 
相关疾病:
46XX性发育睾丸疾病先天性卵巢发育不全综合征
各位好!
我最近用ABI的定量PCR仪进行基因的相对定量分析,但在结果的分析中总是有点云里雾里Embaressed。在这里向大家请教一下,如果问题问的太傻,大家不要笑我Embaressed。
这里用的是2^(-△△CT)的方法。下面的是输出的结果(每4个孔是一组,第三组中有一个孔Omit;以第一组作参照进行比较)。
我不明白的是:△CT不都是用各组的均值计算出来的吗,怎么也存在标准误的问题呢?2^(-△△CT)也是用均值算出来的,RQ的最大值和最小值又是如何计算出来的?
我想对下面的结果进行统计分析,是不是应该在SPSS中进行?
实在是不好意思,问题可能有点太傻,还请大家耐着性子给解答一下。非常非常非常感谢!
Ct  Ct std err  Avg Ct  Avg dCt  dCt std err  ddCt  RQ  RQ min  RQ max  Omit
                  
29.701  0.211  29.966  14.82  0.275  0  1  0.627  1.595  
29.691  0.211  29.966  14.82  0.275  0  1  0.627  1.595  
30.583  0.211  29.966  14.82  0.275  0  1  0.627  1.595  
29.889  0.211  29.966  14.82  0.275  0  1  0.627  1.595  
30.46  0.028  30.417  13.825  0.116  -0.995  1.993  1.621  2.452  
30.426  0.028  30.417  13.825  0.116  -0.995  1.993  1.621  2.452  
30.95  0.028  30.417  13.825  0.116  -0.995  1.993  1.621  2.452  
30.365  0.028  30.417  13.825  0.116  -0.995  1.993  1.621  2.452  
31  0.197  30.746  14.597  0.207  -0.223  1.167  0.807  1.688  
30.882  0.197  30.746  14.597  0.207  -0.223  1.167  0.807  1.688  
                  Omit
30.357  0.197  30.746  14.597  0.207  -0.223  1.167  0.807  1.688
顶部
zzzz[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74598
精华 1
积分 656
帖子 967
信誉分 102
可用分 5638
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-12
状态 离线
8
 

这个问题版内好像已经不是第一次出现了,但一直无人解惑,不知是为什么?
顶部
园丁##[使用道具]
超级版主
Rank: 8Rank: 8


UID 74049
精华 0
积分 1981
帖子 3179
信誉分 101
可用分 16786
专家分 10
阅读权限 150
注册 2011-10-4
状态 离线
9
 
相关疾病:
头痛
我也正在为此问题头疼,看看这个论文的例子可不可能启发我们。欢迎讨论
Livak, K.J., and Schmittgen, T.D. 2001. Analysis of Relative Gene Expression Data
Using Real-Time Quantitative PCR and the 2–∆∆CT Method. Methods 25:402–408.
还有, dCT本身就是目的基因和内参基因CT均数的差值,难道标准误来自此处


查看积分策略说明
附件
2015-7-1 22:29
87882696.snap.jpg (28.96 KB)
 
顶部
zzzz[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74598
精华 1
积分 656
帖子 967
信誉分 102
可用分 5638
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-12
状态 离线
10
 

图中c-myc和GAPDH各自的均数及标准差的由来都好理解,但dCT的标准差却是从何迩来呢?
dCT的均数不就是目的基因和内参基因CT均数的差值吗?
顶部