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标题:【分享帖】基因启动子区 甲基化引物设计心得

园丁##[使用道具]
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发表于 2015-7-2 09:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【分享帖】基因启动子区 甲基化引物设计心得

SEARCH NCBI gene FOR 你的基因，找到你的基因，打开，可以看到 Genomic regions, transcripts, and products， 点击线条示意图上面的NC-XXXXXX.X，连接到你的基因序列，可以清楚的看到其每个外显子在基因组序列中的位置，第一个外显子的起点即转录起始点，围绕该点上下游500bp可以认为即所谓的核心启动子区，最小启动子区。扩大一点范围，可以远至转录起始点上游1000，乃至2000，都可归属于启动子区。其中有无启动子元件，可以用专门软件预测分析。
我一般就是在打开的基因序列页面上，通过修改上面的range: from XXXXX to XXXXXXX,来调出围绕基因转录起始点的序列，进行分析，设计合适的引物，进行MSP、BSP或克隆启动子。
当然，常见基因的启动子有的本身在数据库里就有记录，不用这么麻烦，直接调出就行了。但上述方法适应范围更广，别人没有研究过的，你也可以依据人类基因组计划成果进行研究。
该页面底部显示的序列不是该基因的转录序列。而是基因组序列，包括外显子和内含子的序列。改为Range: from 67326696 to 67329196 ，点后面的更新按纽，显示的就是我贴给你的序列。就是基因的启动子区。
对于该基因适用。对于其它基因，可能序列走向和HGP测序序列是互补的，这在注释条目里会有说明。此时，Range: from XXXXXXX to XXXXXXX，后边的数字会大于前边的。此时，应以后边的那个数字为中心修改，而不是前边的。否则你调出的是基因的尾巴，而不是基因的龙头，启动子区。
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发表于 2015-7-2 09:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

不好意思，问一个弱智问题，什么软件可预测基因的启动子？本人一菜鸟，刚接触，希望多多了解！还有设计MSP,BSP引物也要根据启动子序列吗？谢谢！
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发表于 2015-7-2 09:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
启动子区的序列依据上述方法可以调出，但其中真正发挥作用的部分，即顺式作用元件，还要用专门的软件进行预测和实验验证。MSP,BSP都是研究甲基化的PCR衍生技术，启动子甲基化与基因表达密切相关，所以研究甲基化基因表达调控的一般选择启动子CpG序列进行研究。当然，如果是研究肿瘤诊断用甲基化标记的，不一定局限于启动子，关键是甲基化改变与肿瘤的相关性。
本人尚不会发图片，问题说的不清楚。请战友谅解。一定继续努力，好好学习，天天向上。
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发表于 2015-7-2 09:27 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
aifuhong:我做IGF-1启动子区域的737/738位点的CA重复序列的PCR,但是我在基因库里怎么都找不到这个区域的核甘酸序列,你能帮我么?cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=67&id=10498928&sty=1')
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发表于 2015-7-2 09:41 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
难道是硬在基因序列上找TATAAT这个特征序列么?然后按25个bp再推启动子区域么?
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dior[使用道具]
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发表于 2015-7-2 09:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请说明物种,人的还是其它的?文献报道的有引物序列吧. Blast或电子PCR一下,可以调出序列的. 据你提供资料,应为一个STR 微卫星位点.不知道你的研究目的是什么. 如要区分2bp的差异, 用普通PAGE有困难, 技术高点尚可以. 用ABI3130应该没有问题.但重复单位为2bp, 扩增时也容易出问题, 发生酶滑脱,形成非特异性的stutter带或峰,分析结果时应注意.
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发表于 2015-7-2 09:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

谢谢！是做孕妇的,具体说是做脐血请原谅我知识匮乏,ABI3130具体是指什么样的方法?这个片段的等位基因型就是表达192个bp,如果我的目的只是弄清是此等位基因的纯合型、杂合型还是缺失型用什么分析产物的方法好呢？既简单又好的？
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园丁##[使用道具]
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 小中大

ABI公司的毛细管电泳系统。抱歉。还是看不明白你研究什么目的。纯合型、杂合型、缺失型的差别在什么地方？不同等位基因间是重复单位重复次数差异（长度差异），还是插入、缺失型的变异位点。是DNA水平研究变异或突变？还是研究基因表达，在mRNA水平？
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发表于 2015-7-2 09:43 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我也是刚刚接触甲基化，想问一下搂主有没有听说过这个软件ESME，好像可以做出附件中的图，这个图在很多国外的研究甲基化的文献中都有，如果用过请指点，还想问一下，您做甲基化是如何进行分析的，是克隆测序算出甲基化率进行再比较高甲基化低甲基化吗？谢谢！
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woshi[使用道具]
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 小中大

你好！我想研究一个未知基因的DNA甲基化情况，想用MSP或BSP法，之前设计的引物扩增不出来，所以想请问你是用什么软件设计的MSP或BSP的引物的？谢谢！
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